Последовавшее вскоре за отъездом Златоуста землетрясение побудило императора (вследствие усиленных просьб императрицы) снова возвратить Иоанна в Константинополь. Любимому пастырю народ устроил блестящее торжество, а против Феофила раздавались вопли, что его надо спустить в Босфор. Феофил должен был искать спасения в бегстве. После второго изгнания Златоуста Феофил издал сочинение, в котором очернил Иоанна, называя его гонителем, нехристианином, Валтасаром. Иероним не замедлил познакомить Западную церковь с красноречием Феофила через латинский перевод его сочинения. Кафедра Златоуста перешла к его врагу Арсакию Трасийскому (404–405 гг.), а затем к Аттику (406–425 гг.). Между тем всё больше выяснялось, что Златоуст дорог для всего христианского мира. Антиохийский епископ Александр I (414–424 гг.) восстановил имя Иоанна в диптихах своей церкви и старался побудить к тому же и других. На такой шаг решился и Аттик. Став снова фактически первым епископом Востока, Феофил опять переменил своё мнение об Оригене и по-прежнему пользовался его сочинениями. Он писал о нём: «Ориген – это чудесный цветник, в котором рядом с сорными травами растут прекрасные розы: я срываю только последние». Главное сочинение Феофила «Слово увещевательное к единомысленным Оригену» до нас не дошло. До нас дошли его дисциплинарные каноны и пасхальные послания, вошедшие в состав Кормчей и Книги правил: «К Афингию, епископу, о так называемых Чистых» (греческий текст и церковнославянский перевод); «К Мине епископу» (греческий текст и церковнославянский перевод); «Наставление, данное Аммону» (греческий текст и церковнославянский перевод); «Правила Феофила, архиепископа Александрийского» (греческий текст и церковнославянский перевод); «Каноны Православной Церкви» (Часть 3. Правила Архиепископа Феофила Александрийского. Holy Trinity Orthodox Mission, 2001). Четырнадцать правил, составленных Феофилом Александрийским, вошли в каноны православной церкви. Умер он в 412 г., а преемником Феофила стал его племянник Кирилл Великий. На всём протяжении всего IV в. язычники оставались многочисленной и влиятельной силой в Александрии. Император Юлиан Отступник (361–363 гг.) попытался вернуть престиж вере предков, издав в столице Египта эдикт (4 февраля 362 г.) об открытии языческих храмов. В такой обстановке выступления александрийских христиан против язычества могли стоить им жизни. Сохранились сведения о христианских мучениках, которых язычники подвергали пыткам в храме Сераписа на александрийском акрополе. Император Федосий I Великий, не принимая суровых мер против виновных, всё же приказал разрушить все языческие святилища – очаги беспорядков. В 389 г. Александрийский патриарх Феофил с изволения императора превратил в христианский храм святилище Вакха. После кровавого столкновения христиан и язычников по указанию императора в 391 г. были закрыты александрийский храм Сераписа и святилище того же бога в предместье Александрии Канопе, где патриарх основал монастырь Покаяния. Несмотря на многие неблаговидные поступки, Феофил почитался в Египте как святой, а на третьем Вселенском (431 г.) и пятом Вселенском (553 г.) соборах он был назван в числе авторитетных отцов церкви. Папа Римский Лев I Великий (440–461 гг.) причислял его вместе со святителями Афанасием Великим (328–336, 337–339, 346–356, 362, 364–365, 366–373 гг.) и Кириллом I Великим (412–444 гг.) к наиболее выдающимся пастырям Александрии. Вместе с тем, патриарх Феофил заслужил негативные отзывы историков Сократа Схоластика (около 380 – после 439 гг.) и Созомена (V в.), а также богослова Исидора Пелусиота (ум. около 449 г.), а Римский папа Иннокентий I (401–417) отлучил патриарха Феофила от церкви.