В назначенный день он прислал в церковь Святых Апостолов диакона сказать Епифанию, что тот производит смуту, которая не может принести церкви добра. Епифаний (в чём исследователи отдают ему справедливость) осознал свою ошибку и удалился из храма, сказав при отъезде из Константинополя: «Я оставляю вам столицу, двор и лицемерие». После Епифания в Константинополь прибыл и Феофил, которого в столице встретили торжественно (александрийцы тогда находились во всех во всех портовых городах; немало их было и в Константинополе). Прибыв в качестве обвиняемого, Александрийский папа был помещён в одном из дворцов. Со Златоустом Феофил не хотел входить в церковное общение и не виделся с ним в течение двух недель. Нужным людям он раздавал подарки, которые на языке того времени назывались «благословениями». Светскому лицу нельзя было отказаться от такого подарка, поскольку это было епископское благословение. Но и епископу нельзя было отказать в подарке, когда таковой у него просили, поскольку это означало отказ в благословении. На низших лиц Феофил действовал пышными обедами. Вскоре он достиг того, что лица, посаженные Златоустом в тюрьму, были отпущены. Феофил смог привлечь на свою сторону изменчивый двор и возбудить его неудовольствие против Златоуста, тем более что Иоанн своим суровым режимом и обличительными проповедями возбудил против себя массу врагов, в том числе и императрицу. Между тем на Собор стали собираться епископы (в их числе было 29 египетских епископов). Златоуст знал, что творится у Феофила, и всё-таки оставался заседать только с преданными ему епископами. Однажды он получил от Феофила приглашение явиться на Собор в предместье Халкидона Руфиниану («при Дубе»), куда переправился Феофил из Константинополя. Приглашение было в такой форме: «Святый Собор епископов – Иоанну. Против тебя подано много обвинительных заявлений; поэтому приходи на Собор и захвати с собой Серапиона и Севириана». Епископы, заседавшие с Иоанном, заметили, что Феофил не имеет права так поступать с Иоанном: с ним заседают 40 епископов и в том числе 7 митрополитов, а с Феофилом – только 36. К тому же Собору лучше собраться в Константинополе, чем в Руфиниане. Златоуст благодарил Собор и (со своей стороны) заявил, что он готов идти на Собор Феофила, только чтобы были исключены из числа судей его явные враги – Феофил (который ещё по пути рассказывал, что едет низложить Иоанна), Акакий Верийский (который, недовольный приёмом Златоуста, говорил: «Я ему заварю кашу»), а также Севириан и Антиох. Эти требования уважены не были, и отцы Собора приступили к суду в отсутствие Иоанна. Собор обвинил Златоуста по всем пунктам, которые были представлены, и объявлен лишённым сана. Главными обвинителями были диакон Иоанн и монах Исаак Сириец. Диакон Иоанн был низложен Златоустом за убийство, но на Соборе, обвиняя Златоуста, заявил, что епископ, лишив его сана, поступил с ним слишком строго. К тому же если обвиняемый не являлся, то тем самым создавал для себя новый пункт обвинения. Поскольку в числе обвинений было и обвинение в оскорблении величества (т.е. императрицы Олимпиады), то отцы Собора предоставили расследование этого обвинения гражданской власти. Свою роль Феофил провёл мастерски. Судили первого епископа Востока, но Феофил поставил дело не так. С его точки зрения, выходило, что он только присутствовал со своими епископами на этом Соборе, а судил Иоанна Златоуста Павел Ираклийский, т.е. судил митрополит подчинённого ему епископа (Константинополь тогда входил в его митрополию). Император Аркадий (395–408 гг.) имел слабость утвердить приговор Собора «при Дубе», и Иоанна сослали.