Впечатления от нападения и отлучения за оригенизм для монахов было настолько сильным, что они шли всё дальше и дальше. Наконец, пятьдесят из них прибыли в Константинополь и обратились к Иоанну Златоусту, который был тронут их несчастным положением. Монахи («длинные братья») просили рассудить их и говорили, что если Иоанн их не рассудит, то они обратятся к императору. Иоанн осведомился о них у александрийских пресвитеров, находившихся в Константинополе, которые признали «длинных братьев» невинными, но просили не раздражать Феофила и не принимать их, как отлучённых, в церковное общение. Иоанн не принял их в общение, но дал убежище и написал Феофилу, который неблагосклонно принял вмешательство Иоанна и прислал в Константинополь монахов, которые перед императором обвиняли Иоанна в нарушении церковных правил, т.е. в принятии еретиков. «Длинные братья» обратились к Иоанну с формальной просьбой, а Иоанн снова написал Феофилу, но получил ответ резкий и холодный: «Ты должен знать постановления Вселенского Собора; не ты будешь судить меня, но епископы Египта: дела должны решаться в пределах обвиняемого». Изгнанники подали прошение императрице. Светская власть вмешалась и принялась за расследование дела в претории. Открылись такие злоупотребления и так много грязи, что многие из присланных Феофилом достойны были смерти. Правда, они признали себя только орудиями в руках Феофила, но всё же некоторые умерли в тюрьме. Епископа Феофила вызвали на суд Константинопольского епископа, потому что Константинопольскому епископу принадлежало первенство чести. Таким образом, de facto Александрийский епископ подчинился епископу Константинополя. Иоанн сделал всё, чтобы предотвратить это, но не успел. На самом деле оказалось совсем иначе: судьёй стал Феофил, а подсудимым – Иоанн. В скором времени один из «длинных братьев» (Диоскор) был низложен, а Собор в Александрии составил грозное определение против оригенизма. Желая приобрести себе пособника в лице Епифания Кипрского, ревностного поборника православия и врага оригенизма, Феофил послал ему извещение, что в Константинополе Иоанн Златоуст вводит оригенизм. Старец Епифаний прибыл в Константинополь. Златоуст хотел оказать ему почтение, но Епифаний, уже заранее предубеждённый против него, не хотел вступать с ним в общение, как с еретиком. В загородной церкви Иоанна Предтечи он совершил литургию и даже рукоположил диакона. Тем самым были нарушены канонические правила, однако Златоуст отнёсся к этому благодушно и пригласил Епифания к себе. Но Епифаний потребовал, чтобы Златоуст осудил «длинных братьев» и подписался под определением против оригенизма. Златоуст не видел оснований к такому поступку. Тогда Епифаний начал ратовать за православие, а враждебные Златоусту лица побуждали Епифания явиться в церкви Святых апостолов, произнести анафему на оригенистов и высказать порицание Златоусту, не желавшему осудить «длинных братьев». Но среди епископов были и такие, которые заявили протест против Епифания; во главе их встал Фотий, епископ г. Томи. Он говорил, что не следует осуждать человека, которого при жизни не судили отцы церкви. Но Епифаний хотел настоять на своём. Однако и Златоуст был предупреждён.