Священник Исидор, которого он прочил в Константинопольские патриархи после смерти Нектария, был среди близких Феофилу людей. Однако позже Исидор, осуждавший сребролюбие Феофила и его страсть к строительству, впал в немилость. Изгнанный из Александрии, он нашёл прибежище в Константинополе у Иоанна Златоуста (около 347 – 407 гг.). Вместе с Исидором там же укрылись преследуемые со стороны Феофила четверо «долгих (длинных) братьев». Сам гордый патриарх был вызван в Константинополь для объяснений, под угрозой суда за свои прегрешения и для посвящения нового епископа. Феофил уступил и посвятил соперника. Это усилило его вражду к Иоанну Златоусту, тем более что Константинопольский епископ, опираясь на третий канон второго Вселенского собора 381 г., предоставивший ему первое место среди восточных епископов, пожелал на самом деле стать первым епископом Восточно-Римской империи, к чему как раз и стремился Феофил Александрийский. Вся Восточная церковь сплотилась вокруг этих двух центров. В столице Феофил объединился с противниками Иоанна Златоуста во главе с императрицей Евдоксией. Результатом был печально знаменитый Собор «при Дубе» 403 г., составленный врагами Златоуста с целью его низложения. Отличаясь большим честолюбием, Феофил стремился подчинить своему влиянию Константинопольского архиепископа, и потому после смерти Нектария (381–397 гг.), добивался того, чтобы на эту кафедру было избрано преданное ему лицо. Когда, вопреки планам Феофила, был избран в епископы столицы Иоанн Златоуст, бывший до этого пресвитером в Антиохии, Феофил стал опорой противной Златоусту партии. Он принял деятельное участие в сложной интриге против Константинопольского святителя, результатом которой было низложение Иоанна Златоуста и его двукратное изгнание из столицы. На соборе «под Дубом», проходившем под Халкидоном, Феофил присутствовал в качестве председателя. На Востоке против учения Оригена образовалась всё возраставшая оппозиция монашества, состоявшего большей частью из восточно-национальных элементов христианства. Иерусалимский епископ Иоанн II вступил в спор с Епифанием Кипрским, который требовал от него осуждения Оригена. В Палестине произошёл формальный раскол между почитателями и противниками великого богослова, который умер за 150 лет перед тем. Иоанн II Иерусалимский обратился к Феофилу Александрийскому с просьбой помирить его с Епифанием. Попыток к примирению было две. Первая принадлежала комиту Палестины Архелаю, который для этой цели призвал к себе на Пасху 396 г. обе стороны. Но вифлеемляне прождали в доме Архелая трое суток, а Иоанн Иерусалимский всё не хотел явиться, ссылаясь на то, что болезнь одного человека задержала его. Затем через два месяца Феофил Александрийский послал для прекращения распри пресвитера Исидора, по желанию Иоанна. Но Исидор примкнул к стороне Иоанна. Следствием неудачи было то, что выступил Иероним, пытаясь уладить дело письмами. Примирился один Руфин, который отправился из Иерусалима на Запад (397 г.); с Иоанном же примириться было трудно.