Его философское учение сводится к богословию. Божество познаётся путём отрицания всяких частных, конечных определений (аргументы скептиков, направленные против таких определений, вполне основательны). Оно выше всякого понимания; только тот, кто отрешается от всего конечного, от мира, от себя самого, от своих чувств и разума, находит Божество в момент экстаза (см. Экстаз религиозный). Однако Божество, не имея никаких качественных определений, есть бессодержательная отвлечённость. Вместе с Писанием Филон Александрийский приписывает Ему атрибуты благости, могущества, ведения и пр. в бесконечной степени; только он понимает их не как качества, общие Божеству с другими существами, а как свойственные Ему силы. Таким образом, впервые в философии формулируется идея абсолютного монотеизма. Сверхчувственная истина, приспособленная к человеческой немощи, облекается в иносказательную форму; всё Писание есть аллегория, и задача толкователя в том, чтобы раскрыть скрытый в ней «духовный» смысл. Филон Александрийский различал непознаваемую, неименуемую, неопределимую и невыразимую сущность истинного абсолютного бытия (Бога Яхве) и его многочисленные силы, в которых Творец являет Себя тварному миру. Библию он толкует так, как стоики толковали Гомера, открывая за мифическими образами абстрактно-философские понятия. Его главное внимание направлено на то, чтобы представить иерархию посредников между Богом и миром: вначале это Логос, постигаемый образ непостигаемого Бога, затем – творящая и правящая силы, затем силы милосердия и справедливости и т.п. Это – начало учения об эманации Божества, столь важного для последующих систем философии. В трактате «Поймандр» описывается, как Мировой Разум беседует с пророком, и эта беседа очень напоминает общение Авраама с Господом. Поймандр (т.е. «Пастырь мужей») раскрывает перед Гермесом Трисмегистом («Трижды великим», якобы автором учения) величественную картину мироустройства, сотворение мира. Здесь Свет противопоставлен тьме – неорганизованной материи, и в эту материю опускается Святое Слово – Сын Божий, а венцом творения является создание Человека, подобного Самому Свету, и Свет возлюбил его, как собственное дитя. Но когда Первочеловек познал красоту породившего его Света, ему тоже захотелось творить, и это желание стало причиной его падения. Увидев в Природе прекрасный образ Бога, он воспылал к ней любовью и пожелал поселиться в ней. Вот почему Человек двоякий: смертен телом и бессмертен душой. На этом положении строилась этика герметизма: если любовь лишила человека бессмертия, то он может обрести её вновь лишь путём отвращения от любви и всего того, что с ней связано. Судя по большому количеству упоминаний о Гермесе (создателе учения) разных авторов, герметизм имел много сторонников среди учёных эллинов как в Египте, так и в Греции. Но массовой религией он никогда не был: сложная символика и холодная аллегоричность не позволили ему распространиться в народе. Кроме того, ему явно не доставало той пламенной веры в непреложность Откровения, которая обеспечила победу возникшему в то же время христианству. Авторы поздних герметических трактатов жили в ту эпоху, когда христианство широко распространилось по Римской империи, и хотя прямых выпадов против него нет, скрытая полемика всё же присутствует. Христиане же относились к герметизму с уважением, т.к. находили в нём много общего с собственными представлениями.