Гонения, обрушившиеся на пресвитериан, выступавших за организационное реформирование церкви, отмену священства и создание национального синода независимых религиозных общин, вызвали протесты в парламенте в 1580–1590 гг. и рост оппозиционных настроений среди убеждённых кальвинистов. Елизавета видела в их призывах к упразднению иерархии духовенства угрозу официальной церкви и собственным позициям как её главы. Королева не одобряла иконоборчество времён ранней Реформации, которое повлекло за собой невосполнимые культурные утраты, и не допустила его повторения. Важным начинанием её культурной и религиозной политики стало новое официальное издание Библии на английском языке. Она получила название «Епископская Библия» («Bishops' Bible») из-за того, что над ней работала группа епископов во главе с архиепископом Мэтью Паркером. До конца века она переиздавалась 18 раз. Елизавета не препятствовала публикации в Англии и так называемой Женевской Библии. Конфессиональный фактор оказывал постоянное воздействие на внешнюю политику елизаветинской Англии. В 1560–1570 гг. вследствие попыток английского купечества проникнуть в испанские колонии в Новом Свете, напряжённость в англо-испанских отношениях нарастала. Негласное поощрение английских купцов со стороны Елизаветы привело к распространению английского пиратства в Атлантике и к необъявленной англо-испанской войне на морских путях. Ряд ударов был нанесён испанцам Фрэнсисом Дрейком во время его кругосветного рейда в 1577–1580 гг., после которого королева, пайщица многих каперских антииспанских экспедиций, посетила его корабль и собственноручно произвела Ф. Дрейка в рыцари. В Нидерландах Елизавета поддерживала протестантов, восставших против испанского короля Филиппа II. В 1588 г. испанский флот направился к английским берегам, но был разбит. Поражение испанской «Великой армады» закрепило за Англией статус новой владычицы морей, обеспечив Елизавете роль лидера протестантских сил в Европе. В течение многих лет королева вела переговоры о потенциальном браке с католическими государями: с представителями испанских и австрийских Габсбургов, с принцами французского дома Валуа. Её отказ принять решение в пользу одного из них мог привести к тому, что в случае смерти бездетной Елизаветы английский престол перешёл бы к монарху-католику.