С 1952 г. взаимоотношения Елевферия с чехословацкими органами власти заметно ухудшились. К этому времени греко-католики утратили свои позиции, также была сломлена оппозиция новому режиму внутри Римско-католической церкви в Чехословакии. Поэтому местное партийное и государственное руководство перестало рассматривать православную церковь как своего стратегического партнёра и начало активно вмешиваться в её внутренние дела. Власти требовали публикации в официальных церковных изданиях статей на политические темы. Государственное управление по церковным делам распорядилось, чтобы в тех случаях, когда церковные праздники приходятся на будние дни, богослужение заканчивалось не позднее 7.30 утра, чтобы не отвлекать граждан от работы. Елевферий сообщал в Москву, что ему неофициально предлагали совершать литургию не только утром, но и вечером (по примеру католической церкви), на что он ответил решительным отказом. Власти требовали, чтобы Елевферий в Пасхальном послании не упоминал о крестных страданиях Христа, поскольку это якобы рождает у верующих пессимистические настроения. Государственное управление по церковным делам требовало, чтобы Елевферий выдал упорствующим униатским священникам декреты об утверждении их на приходах «с правом воссоединения их с Православной Церковью тогда, когда они найдут это для себя возможным». По сути дела это означало приём в православную церковь униатских священников, придерживавшихся католического вероучения и находившихся в административном подчинении Ватикану. Елевферий отказался выполнить это антиканоническое требование властей. Его позиция была поддержана патриархом Алексием и Советом по делам РПЦ при Совете министров СССР. Все эти обстоятельства привели к взаимному недоверию между Елевферием и чехословацкими властями. В результате с 1953 г. Елевферий стал искать возможности вернуться в СССР. Однако и руководство РПЦ, и советские власти считали возможным его отзыв на Родину лишь после подготовки ему полноценной замены из числа местного духовенства. В 1955 г., в день Рождества Христова, во время проповеди в кафедральном соборе в Праге Елевферий потерял сознание. Врачи констатировали инфаркт миокарда. До марта 1955 г. он находился в больнице в Праге. После этого Елевферий прибыл в Москву для продолжительного лечения и отдыха. Патриарх Алексий предоставил ему свои покои на патриаршей даче в Переделкине.