В июле в Восточной Словакии была открыта ещё одна православная епархия – Михаловская во главе с епископом Александром (Михаличем). Елевферий оставался правящим архиереем Пражской епархии и главой экзархата, в который теперь входило уже четыре епархии. Несмотря на то что Елевферий принял в состав экзархата бывшую паству Словацкой греко-католической церкви, он всё же считал, что воссоединение словацких греко-католиков с православной церковью было проведено с излишней поспешностью. 6 июля 1950 г. он писал митрополиту Николаю (Ярушевичу): «Дело воссоединения униатов не считаю в данный момент прочным. Слишком быстрыми темпами оно было проведено, и притом гражданской властью, и с помощью полиции; применялись репрессии, угрозы и т.п.». Ускоренное и фактически насильственное присоединение униатов к православию потерпело неудачу. К середине сентября 1950 г. из 262 греко-католических священников православие приняло лишь около ста человек. Наиболее активных противников воссоединения власти либо подвергали арестам, либо переселяли в Моравию. Елевферий полагал, что экзархат Московской патриархии в Чехословакии оказался не готовым к воссоединению греко-католиков с православной церковью. Среди униатов не было авторитетного лидера, также не была создана инициативная группа, которая могла бы должным образом подготовить воссоединение. Елевферий предлагал Московской патриархии осуществить ряд мер по упрочению позиций православной церкви в Восточной Словакии, в частности, организовать приезд сюда делегации бывших униатов Закарпатской Украины для совместных служб и встреч с паствой. Таким образом, Елевферий стремился, насколько это было возможно, противопоставить репрессивным мерам органов власти планомерную миссионерскую деятельность. Он особо заботился о развитии в Чехословакии православного богословского образования. 14 ноября 1948 г. в Карлови-Вари была открыта православная духовная семинария, переведённая на следующий год в Прагу. В 1950 г. она была преобразована в Православный богословский факультет, размещённый в Прешове в здании бывшей греко-католической академии. Елевферий принимал активное участие в движении по защите мира. По его инициативе при Синоде Чехословацкой православной церкви была создана постоянная комиссия по вопросам участия церкви в борьбе за мир, а в епархиальных центрах – епархиальные комиссии мира. В связи с укреплением православной церкви в Чехословакии активно обсуждался вопрос о предоставлении ей автокефалии. Желательность обретения православной церковью полной самостоятельности высказывалась и со стороны властей Чехословакии, обратившихся за содействием к Правительству СССР.