В июле 1948 г. Елевферий во главе чехословацкой делегации присутствовал на юбилейных торжествах в честь 500-летия автокефалии РПЦ, а также участвовал в работе совещания представителей поместных православных церквей в Москве. 18 июля 1948 г. указом патриарха был возведён в сан митрополита. В 1949 г. избран почётным членом Московской духовной академии. В результате активной деятельности Елевферия в 1948 г. в состав экзархата входило уже больше сотни приходов. 7 декабря 1949 г. решением епархиального собрания, состоявшегося в Праге, Чешская епархия была разделена на две самостоятельные епархии: Пражскую и Оломоуцко-Брненскую. Елевферий остался правящим архиереем Пражской епархии и главой экзархата, а Оломоуцко-Брненским епископом был избран протоиерей Честмир Крачмар. 30 декабря Прешовское епархиальное собрание под председательством Елевферия избрало правящим архиереем этой епархии архимандрита Алексия (Дехтерёва). Для совершения хиротоний двух новоизбранных епископов, а также для ознакомления с жизнью экзархата патриархом Алексием в Чехословакию была направлена делегация РПЦ в составе митрополита Крутицкого и Коломенского Николая (Ярушевича), архиепископа Львовско-Тернопольского и Мукачевско-Ужгородского Макария (Оксиюка) и благочинного Москвы протоиерея Павла Цветкова. 5 февраля 1950 г. в Оломоуце митрополит Николай, Елевферий и архиепископ Макарий совершили епископскую хиротонию Честмира (Крачмара), предварительно принявшего монашество и возведённого в сан архимандрита. 12 февраля в Прешове митрополит Николай, Елевферий, архиепископ Макарий и епископ Честмир совершили епископскую хиротонию архимандрита Алексия. Тем самым был завершён процесс формирования Оломоуцко-Брненской и Прешовской православных епархий. В том же году Елевферий посетил Будапешт, где рукоположил ряд православных священников – венгров. Пришедшая к власти в Чехословакии в 1948 г. коммунистическая партия в конфессиональной политике взяла курс на ослабление в обществе позиций католической церкви. Одной из составляющих этого курса было стремление упразднить Словацкую греко-католическую церковь, воссоединив её духовенство и паству с православной церковью. С 1949 г. Чехословацкое государственное управление по церковным делам активно занималось подготовкой этого воссоединения. В населённых пунктах Восточной Словакии с преобладающим униатским населением создавались воссоединительные комитеты, в которые входили греко-католические священники и миряне. После визита в Восточную Словакию делегации РПЦ (февраль 1950 г.) воссоединительное движение здесь заметно усилилось. В ходе визита члены делегации провели ряд совещаний с Елевферием и представителями посольства СССР в Праге, посвящённых униатской проблеме.