С 16 октября по 29 нояря. 1945 г. возглавлял делегацию Московской патриархии, направленную в занятую советскими войсками Маньчжурию для переговоров с православными архипастырями, находившимися в Китае. 26 октября Харбинский митрополит Мелетий (Заборовский), Камчатский архиепископ Нестор (Анисимов), Хайларский архиепископ Димитрий (Вознесенский) и Цицикарский епископ Ювеналий (Килин) подписали в Харбине акт о воссоединении с Московской патриархией. 8 ноября 1945 г. в городе Оломоуце (Чехия) состоялось епархиальное собрание Чешской епархии, принявшее решение просить Сербскую православную церковь отпустить вдовствующую после мученической кончины в 1942 г. епископа Горазда (Павлика) Чешскую епархию из своей канонической власти и благословить её переход в подчинение РПЦ. С 10 по 14 января 1946 г. делегация Чешской епархии находилась в Москве, где проходили переговоры с патриархом Алексием I. 14 января патриарх подписал «Определение об условиях приёма Чешской Православной Церкви в состав Московской Патриархии». В нём говорилось о создании на территории Чехословакии экзархата Московской патриархии с правами автономии в том объёме, который был предусмотрен Уставом Чешской православной епархии 1929 г. Однако назначение в Чехословакию экзарха Московской патриархии признавалось возможным лишь после получения согласия на это Сербской православной церкви. 20 марта 1946 г. Синод Сербской церкви постановил, что «Патриарх Московский и всея Руси Господин Алексий может сейчас направить своего епископа в Чехословакию, дабы он временно принял церковные дела местной православной епархии, поскольку наша Сербская Православная Церковь ныне не может этого сделать». 5 апреля Священный Синод постановил назначить Елевферия экзархом Московской патриархии с титулом «архиепископ Пражский и Чешский» с местопребыванием в Праге. В состав экзархата были включены все православные приходы на территории Чехословакии, в том числе русские приходы, ранее руководимые епископом Сергием (Королёвым). 19 мая 1946 г. Елевферий прибыл в Прагу. 31 августа Чешское епархиальное собрание в соответствии с Уставом Чешской православной епархии избрало Елевферия правящим архиереем этой епархии. 10 июля Елевферий был утверждён временным управляющим Восточно-Словацкой (Прешовской) епархией, оставшейся после присоединения Закарпатья к СССР в Чехословакии части прежней Мукачевско-Прешовской епархии. Осенью того же года посетил находившегося в городе Карлови-Вари на излечении Сербского патриарха Гавриила. После переговоров, проведённых по поручению патриарха Алексия I и с санкции советских властей, патриарх Гавриил принял решение о возвращении в Югославию, где после окончания Второй мировой войны к власти пришло коммунистическое правительство.