В сентябре Евсевий подал прошение о выходе на покой. В связи с назначением 18 ноября 1926 г. управляющим Иркутской епархией Охотского епископа Даниила (Шерстенникова), бывшего ранее попечителем Забайкальской и Нерчинской епархии, 22 ноября Евсевий был назначен на Читинскую кафедру. Однако сразу после получения извещения о назначении подал ходатайство на имя митрополита Сергия об оставлении на покое. Между тем из-за отъезда епископа Даниила в Иркутск (конец ноября – начало декабря 1926 г.) в Чите среди православных верующих, лишившихся архиерея, возникло замешательство, к тому же вновь усилили агитацию обновленцы. В силу этих обстоятельств между епископами Даниилом и Евсевием велась довольно резкая по тону переписка. Евсевий настаивал, что пребывает на покое и занять Читинскую кафедру не может; епископ Даниил же полагал, что Евсевий не может считать себя свободным от исполнения канонических правил. В связи с данными обстоятельствами 1 февраля 1927 г. епископ Даниил по просьбам Читинского епархиального совета согласился взять на себя попечение также и о Забайкальской епархии. После подтверждения назначения на Читинскую кафедру Евсевий счёл должным отказаться от прошения об оставлении на покое. 22 октября 1927 г. он прибыл в Читу и приступил к управлению епархией с титулом «епископ Забайкальский и Нерчинский»; первый правящий Читинский епархиальный архиерей после отъезда в 1920 г. в эмиграцию епископа Мелетия (Заборовского). Первое время Евсевий проживал в сторожке Градо-Читинского Казанского собора, а затем в доме своего ближайшего друга и соратника протоиерея Николая Любомудрова. Под началом Евсевия в тот период пребывало около 140 православных приходов. Основной задачей было сохранение возрождённой епископом Даниилом в епархии канонической церкви, которой угрожали как прямые гонения со стороны властей, так и инспирируемые ими действия раскольнических группировок, прежде всего, обновленцев. Памятуя об активности обновленцев в Забайкалье, Евсевий сразу постарался обеспечить образовательную подготовку православного духовенства. 7 ноября 1927 г. при епископе была создана экзаменационная комиссия. Её членам из числа наиболее опытных иереев кафедрального собора поручалось подготовить программу испытаний, причём Евсевий особо оговаривал, что она должна была ориентироваться на новые условия, в которых оказалась церковь: усилившееся неверие и различное современное сектантство. Особо подчёркивалась необходимость для пастыря быть хорошо осведомлённым в советском законодательстве о религиозных организациях, чтобы новопоставленные священнослужители «не осложняли взаимоотношений между Церковью и государством, в отношении которого нужно держаться полной лояльности, не касаясь политики ни в проповедях, ни в частных беседах».