Архиепископ Сергий (Спасский) поместил Елисея среди местночтимых русских святых, Евгений Евстигнеевич Голубинский – в список почитаемых усопших. 21 июля 1929 г. мощи Елисея были вскрыты и переданы Карельский краеведческий музей в Петрозаводске (в музее хранится описание мощей святого). 26 июня 1990 г. святыня была возвращена церкви и помещена в Крестовоздвиженском соборе Петрозаводска. Ежегодно в день памяти Елисея (14/27 июня, приурочен ко дню памяти пророка Елисея) из Крестовоздвиженского собора после Божественной литургии совершается праздничный крестный ход с мощами Елисея. Святому написан акафист (Петрозаводск, 2004 г.). 9 ноября 2005 г. в Сумском Посаде был установлен крест на месте будущего храма во имя Елисея. Записываются современные свидетельства о чудесах, совершающихся по молитвам, обращённым к святому, у его мощей. Канонизация Елисея подтверждена внесением его имени в Собор Новгородских святых, празднование которому было возобновлено в 1981 г. по благословению Ленинградского и Новгородского митрополита Антония (Мельникова), в Собор Соловецких святых, учреждённый в 1993 г. по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, и в Собор Карельских святых, новое празднование которому 21 мая установлено по благословению патриарха Алексия II в 2004 г. Сохранилась икона Елисея конца XVIII – начала XIX в. (Карельский краеведческий музей; 31,4х26,8 см, из довоенных поступлений), где он представлен в рост, прямолично, в монашеских одеждах и куколе, вверху в облаках – Спаситель. Ведомость 1855 г. церкви во имя Николая Чудотворца Сумского прихода сообщает, что «в Сумском посаде… есть часовня во имя преподобнаго Елисея Сумскаго чудотворца. Она существует с 1668 года и первоначально устроена была по распоряжению царского стольника Александра Севастиановича Хитрова, местоположением она находится под правым клиросом церкви святителя Николая. В этой часовне под тем самым местом, где погребён преподобный Елисей Сумский Чудотворец, устроена приличная гробница и существует оная с означеннаго же времени. Украшением сия часовня весьма достаточна» (Государственный архив Архангельской области). В «Соловецком патерике» указано, что «над могилой поставлена новая деревянная рака с изображением на верхней доске лика Преподобнаго». Как сподвижник Зосимы Соловецкого Елисей неоднократно изображён на миниатюрах из Жития преподобных Зосимы и Савватия Соловецких конца XVI – начала XVII вв. из библиотеки Ивана Александровича Вахромеева (Исторический музей). Здесь представлены такие сюжеты: «Известие о скорой смерти инока Елисея», «Возложение схимы на преподобного Елисея», «Преподобный Зосима ограждает преподобного Елисея от бесов», «Путешествие иноков с больным преподобным Елисеем», «Преставление и чудесное воскрешение преподобного Елисея» и др.