Несмотря на то, что 10 октября 1795 г. губернские власти приказали женскую общину окончательно ликвидировать, а все строения сломать или продать, указание осталось невыполненным, сёстры продолжали проживать на Каменной горе неофициально. Более того, в течение последующих 10–15 лет на территории Елецкого монастыря продолжалось храмовое строительство. После возведения и освящения в 1813 г. приходского Знаменского храма попытки восстановить Елецкий монастырь на прежнем месте возобновились. По инициативе городского головы купца Ивана Васильевича Шапошникова, который внёс в Московскую сохранную казну на содержание обители 12 тыс. руб. и обещал довести сумму до 20 тыс., жители Ельца стали собирать необходимые средства на содержание монастыря. В 1815–1816 гг. 64 жителя Ельца подавали прошение в Орловскую духовную консисторию, затем в Синод о восстановлении Елецкого монастыря. К этому времени было собрано 38 тыс. руб. ассигнациями (купцы согласны были внести ещё 1745 руб.), на проценты с которых (1,9 тыс. руб. в год) и предполагалось содержать обитель, при этом на двух священников и двух причётников планировалось тратить 600 руб. Поддержавший горожан великий князь Николай Павлович 30 мая 1818 г. писал обер-прокурору Святейшего Синода князю Александру Николаевичу Голицыну: «В бытность мою в г. Ельце… поднёс мне градской глава Иван Шапошников письмо с просьбою о покровительстве в исходатайствовании… у вашего сиятельства о переименовании находящейся в вышеописанном городе приходской церкви Знамения в классный девичий монастырь. Объявив им, что другаго пособия я им делать не могу по тому делу, как препроводить их прошение к вашему сиятельству. Препровождаю оное к Вам, прося, буде есть возможность удовлетворить оную». 9 июня 1818 г. Синод постановил учредить в Ельце монастырь третьего класса. 28 октября 1822 г. в Вероне (Италия) император Александр I подписал указ о возрождении Елецкого монастыря, его официальное открытие состоялось 15 апреля 1823 г. Согласно писцовым книгам 1690 гг., при первой игуменьи Иулитте в Елецком монастыре проживали казначея старица Васса и от 12 до 27 монахинь. В 1697 г., после смерти игуменьи Иулитты, настоятельницами Елецкого монастыря были игуменья Капитолина (1701–1704 гг.), Вера (1705–1706 гг.), Пелагия, Александра (1735–1764 гг.). К 1700 г. в обители проживало 27 монахинь. В 1764 г. игуменьи и 23 насельницам предписывалось переселиться в воронежский в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастырь, единственный штатный монастырь епархии. Несмотря на указание, несколько монахинь продолжали жить в кельях на Каменной горе, получая помощь от жителей города и окрестных помещиков: «...Экономический казначей премьер-майор Новосильцев приказал подмонастырской крестьянской слободки старосте Ф. Рязанцеву, чтобы он, староста, и бобыли обители Богородицкого девичья монастыря никаких обид не показывал и в рощу для плодов лесных фруктов им брать не запрещал и от посторонних людей оное оберегать, чтоб той рощи вреда никакого не чинить, а той же обители игуменье с сёстрами для топления печей, ежели найдётся сушняк, им брать дозволяется». Отказалась от переезда и елецкая подвижница схимница Елисавета (Евдокия Холина), бывшая супруга ельчанина Михаила Голощапова, впоследствии задонского подвижника схимонаха Митрофана, друга епископа Воронежского и Елецкого Тихона Задонского.