17 ноября 1992 г. в монастыре был совершён первый постриг, 14 ноября 1996 г. отслужена первая литургия в надвратном храме Димитрия Ростовского, 6 декабря 1996 г., в канун праздника великомученицы Екатерины, всенощное бдение в монастыре Екатерины возглавил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий, 7 декабря 1996 г. Божественную литургию совершил епископ Можайский Григорий (Чирков). Восстановлены Екатерининский собор, Петропавловский храм, колокольня с надвратной церковью Димитрия Ростовского, настоятельские покои, архиерейский и келейные корпуса, ограда с башнями, построен трапезный храм во имя Московского патриарха Тихона. Среди святынь монастыря Екатерины – чтимый список чудотворной иконы великомученицы Екатерины в окладе, Ченстоховская икона Божьей Матери, ковчег с частицами мощей апостола Андрея Первозванного, великомученицы Екатерины, мучеников и исповедников Гурия, Самона и Авива, священномученика Владимира (Богоявленского), митрополита Киевского, Константина (Голубева), святителей Афанасия Константинопольского, Игнатия (Брянчанинова), Тихона Московского, Мелетия Харьковского, преподобных Максима Грека, Ферапонта Можайского, Серафима Саровского, Германа (Гомзина) и др., ковчег с частицами мощей преподобных отцов Оптинских, а также иконы священномученика Константина (Голубева), митрополита Московского Иннокентия (Вениаминова) с частицами мощей. На территории монастыря Екатерины погребён старец схииеродиакон Антоний (Семёнов; 1913–1994 гг.). В монастыре Екатерины совершаются ежедневные богослужения, по средам после литургии – молебен с акафистом перед Ченстоховской иконой Божьей Матери, по четвергам – молебен с акафистом Николаю Чудотворцу, по воскресеньям – молебен с акафистом великомученице Екатерине. С начала 1990 гг. к монастырю Екатерины было приписано подворье в деревне Таболово (в черте города Видное) при церкви в честь Успения Пресвятой Богородицы (первая половина XVIII в.). Закрытый после 1933 г. храм восстановлен трудами настоятеля и братии монастыря Екатерины. Указом митрополита Крутицкого Ювеналия от 29 мая 2003 г. Успенская церковь была преобразована в отдельный приход. К 2008 г. монастырь Екатерины имел подворья при храме во имя Новомучеников и исповедников Российских (освящён 22 сентября 2007 г.) на бывшем спецобъекте НКВД «Коммунарка» – месте массовых захоронений расстрелянных, а также при церкви Рождества Пресвятой Богородицы села Иван-Теремец Ступинского района на берегу реки Каширки (возведена в конце XVII – начале XVIII вв., в XIX в. к церкви пристроена трапезная с двумя приделами). Насельники монастыря Екатерины помогают дому ребёнка города Видное, несут социальное служение.