Одновременно в монастыре находилась колония малолетних преступников с сельскохозяйственным техникумом. Весенней ночью 1934 г. один из уголовников убил монахиню Веру. В том же году была закрыта надвратная церковь, святыни (чтимые иконы, предметы церковной утвари) тайно, в телеге, прикрытой сеном, вывезли в соседнее село Ермолино. Чудотворная икона великомученицы Екатерины утрачена (по некоторым сведениям, украдена из храма села Ермолина в начале 1970 гг.). Когда монастырь Екатерины был полностью передан ГУМЗ (Главному управлению местами заключения), 80-летнего старца Пантелеимона выселили из обители. Он обосновался в так называемом Фельдмаршальском посёлке у дьякона Иакова Ференеца. В ночь с 15 на 16 октября 1935 г. игумен Пантелеимон, дьякон Ференец, монахиня Матрона (Гордеева) и несколько инокинь были арестованы. По преданию, старец Пантелеимон умер в ссылке в Каргополе. 25 ноября 1937 г. в селе Ям был арестован и в ночь с 7 на 8 декабря 1937 г. расстрелян на Бутовском полигоне священник Красностокского монастыря Ярослав Савицкий. Через месяц там же, на Бутовском полигоне, был расстрелян священник Владимир Нарский, служивший в Никольской церкви села Ермолина, где с 1935 г. хранились святыни Екатерининского и Красностокского монастырей. В 1935 г. Советом народных комиссаров СССР был утверждён Генеральный план реконструкции Москвы и Московской области. По этому плану земли вокруг имения Суханово, включая монастырь Екатерины, были объявлены заповедником и переданы в аренду Союзу архитекторов СССР. Тюрьма была упразднена. Некоторое время помещения обители использовались как жильё для переселенцев. Но в конце 1938 г. в монастыре Екатерины была устроена секретная политическая тюрьма, рассчитанная на 150–160 заключённых. Надзирателей вместе с внутренней охраной было 70 человек. Снаружи тюрьму охраняла спецрота дивизии НКВД особого назначения. По рассказам местных жителей, охрана стояла даже в полях, вдалеке от тюрьмы. В официальных бумагах для внутреннего употребления тюрьма именовалась «Спецобъект №110», а в народе её называли Сухановка. В Екатерининском соборе был устроен крематорий. В 1958 г. в бывшей Сухановской тюрьме разместилась тюремная больница. В 1931–1991 гг. постройки монастыря Екатерины принадлежали различным силовым ведомствам и лишь в июле 1995 г., уже после возобновления обители, органы ГУВД окончательно освободили территорию монастыря. В 1991 г. по инициативе местного прихода часть Петропавловского храма монастыря Екатерины была передана РПЦ. 14 апреля 1992 г. указом митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия (Пояркова) настоятелем возрождавшегося монастыря Екатерины был назначен иеромонах Тихон (Недосекин; с 1999 г. – епископ Видновский).