С 1784 г. строителем монастыря Екатерины был чтимый братией игумен Мелхиседек (ум. в 1813 г.), при поддержке Московского митрополита Платона (Левшина) возродивший находившуюся в упадке пустынь. В 1802 г. он был переведён в Высоцкий серпуховской монастырь с возведением в сан архимандрита, но, согласно завещанию, похоронен в приделе во имя Сергия Радонежского Екатерининского храма монастыря Екатерины. Тело старца-архимандрита несли из Серпухова на руках именитые граждане в сопровождении чуть ли не половины жителей города. На чугунной плите, возложенной на его могиле, архимандрит Мелхиседек назван «обновителем» пустыни. Строитель (1809–1822 гг.) иеромонах Дорофей, ученик известного старца архимандрита Макария (Брюшкова), настоятеля Пешношского Никольского монастыря, был назначен настоятелем монастыря Екатерины с целью введения общежительного устава, переход к которому произошёл в январе 1810 г. при поддержке Московского митрополита Платона (Левшина). Учеником строителя Дорофея был архимандрит Венедикт (Филлипов), настоятель Берлюковской во имя святителя Николая Чудотворца пустыни. В 1829–1855 гг. в обители подвизались казначей иеромонах Иаков (ум. в 1841/1842 г.) и иеромонах Нифонт (Флоров, ум. в 1882 г.), почитаемые братией и прихожанами. Строитель монастыря Екатерины (1823–1829 гг.) иеромонах Назарий (Бордоносов) был учеником старца Льва (Наголкина). С 1842 г. в монастыре Екатерины настоятельствовал постриженик Берлюковской пустыни иеромонах Мисаил (ум. в 1854 г.), сочетавший талант администратора с подвижнической жизнью. Настоятель носил кирпич для строительства, песок или воду рабочим, ночи проводил в молитве. В обитель к нему стекалось множество паломников и благотворителей. Строитель (1865–1870 гг.) иеромонах Варсонофий за широкую благотворительную деятельность (особенно в отношении Рогожского этапа, где много лет служил в церкви) получил шесть благодарностей от Московского митрополита Филарета (Дроздова). Иеромонах Варсонофий обеспечил поступление в монастырскую казну дополнительных доходов и покрыл долги обители, появившиеся при его предшественнике. Занимаясь административно-хозяйственными делами, он не уделял внимания братии, что и стало причиной его увольнения от должности в 1870 г. «ввиду полного равнодушия к печальному и возмутительному событию, произошедшему в пустыни». Имеется в виду убийство неизвестными преступниками 16-летнего келейника настоятеля Григория Иванова, тело которого нашли в пруду. Настоятель не сообщил об исчезновении юноши, а спустя две недели, когда ему сказали, что тело обнаружено в пруду, равнодушно уехал по делам в Москву. Распоряжением от 29 сентября 1870 г. иеромонаха Варсонофия перевели в московский в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастырь на больничную вакансию при богадельне. Настоятель монастыря Екатерины (1902–1908 гг.) игумен Мартирий (Михайлов) был убит в своей келье эсерами 13 сентября 1908 г. при попытке ограбления. Игумен Пантелеимон (Орлов) настоятельствовал в монастыре Екатерины с 25 октября 1915 г. до закрытия пустыни в январе 1918 г., когда монахи были переведены в серпуховской Высоцкий монастырь, а здания переданы Красностокскому женскому монастырю, эвакуированному в 1914 г. из Гродненской губернии.