Тот же «традиционалистский подход» нашёл отражение и в «Толкованиях на Ветхий Завет», изданных при Санкт-Петербургской духовной академии в 1879–1895 гг., где Ф.Г. Елеонский совместно с Иваном Сергеевичем Якимовым составил комментарий на Книгу пророка Исаии. По мнению исследователей, в этой работе не были учтены давно ставшие аксиоматичными на Западе выводы западных библеистов о написании отдельных частей книги различными пророками, время жизни которых отличалось на несколько столетий. Ф.Г. Елеонский участвовал в составлении комментариев на Книгу Иисуса Навина и, как полагают исследователи, на Пятикнижие для «Толковой Библии». Работая с текстом Библии, Ф.Г. Елеонский отдавал предпочтение переводу Септуагинты (LXX) в сравнении с Месопотамским Талмудом. Его поздние работы были посвящены славянским библейским исследованиям, представлявшим особый интерес для русской православной академической школы, добившейся значительных результатов в этой области. Ф.Г. Елеонский занимался выявлением источников, которыми руководствовались справщики в работе по редактированию славянского перевода текста Елизаветинского издания Библии («По поводу 150-летия Елизаветинской Библии») на предмет его соответствия Септуагинте. Он также сравнивал этот текст с современным литургическим текстом Библии, отмечая недостатки последнего. Ф.Г. Елеонский вслед за Иваном Евсеевичем Евсеевым и Николаем Ивановичем Ильминским считал, что необходимо готовить новое издание древней славянской Библии. Ф.Г. Елеонский составил обзор работ русских библеистов ХIХ в. («Отечественные труды по изучению Библии в ХIХ в.»; «Труды по изучению книг ВЗ. Труды по Исагогике. Труды по введению в учительные книги»), ставший итогом предшествующей традиции и наметивший перспективы и пути развития отечественной школы библейских исследований. Активно участвовал в написании и издании Православной богословской энциклопедии. Для изучения библейских цитат у Иоанна Златоуста, имеющих важное значение для реконструкции Лукиановской рецензии LXX, Ф.Г. Елеонский составил примечания к творениям святителя, издаваемым при Санкт-Петербургской духовной академии. Он был в полной мере представителем дореволюционной школы отечественной библеистики, которая характеризовалась высоким уровнем языковой подготовки и использовала имеющийся научный потенциал для отстаивания сложившихся традиционных представлений. Как учёный верно определил актуальные направления развития библейской мысли своего времени и исследовал их в своих работах.