На некоторых пряслах их фоном служат два слегка сплющенных взаимопересекающихся ромба; ниши рассекают их основания своими килями. В этом исследователи не могут не увидеть отклик готической плетёнки, которая появляется в соседнем Покровском монастыре в декорации трапезной, построенной после 1551 г. мастерами предположительно польско-литовского происхождения. Готические мотивы, указывающие на строительство церкви-колокольни теми же мастерами, присутствуют и в интерьере церкви Рождества Иоанна Предтечи. Её пространство перекрыто не имеющим аналогов в русской архитектуре зонтичным сводом на кронштейнах, часто используемым для перекрытия конх в готических постройках. Это позволяет исследователям датировать её в том же временном пределе, что и трапезную суздальского Покровского монастыря. Они полагают, что она была возведена раньше существующего монастырского собора, т.к. деревянный переход (на который указывает портал дверного проёма во втором ярусе) мог соединять колокольню только с собором, у которого, как и у собора в Покровском монастыре, были двухэтажные паперти. Исследователи уверены, что это мог быть только собор первой четверти XVI в., поскольку современный не имеет подклета и соответственно двухэтажных папертей. В конце XVI – XVII вв. к церкви-колокольне была пристроена трёхпролётная звонница с часобитней, которая упоминается в описи 1660 г.: «...Колокольница каменная о два верха; на колокольнице полатка часовая шатром». В её декорации использованы мотивы как столпообразного храма (ряды килевидных нишек на уровне подклета), так и собора (упрощённые балясины в карнизах его апсид и кронштейны в карнизах барабанов, из которых составлен декоративный пояс на стене звонницы). Исследователи полагают, что объём звонницы сформировался в два строительных этапа. Сначала была пристроена однопролетная звонница для большого колокола, пожертвованного в 1599 г. Диомидом Черемисиновым, уже в XVII в. – ещё два пролёта и часобитня. Надвратная церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы с приделом Иоанна Лествичника была построена, как полагают исследователи, в конце XVI в. В Иоанновский придел был перенесен престол из старой трапезной церкви во имя Иоанна Лествичника (1523–1525 гг.). Надвратные храмы с приделами, выделенными в отдельный объём, были построены в конце XVI в. на вратах Можайской крепости (церковь Николая Чудотворца, 1601 г., не сохранилась), а также в Ипатиевском костромском (церковь Феодора Стратилата, 1586–1597 гг., не сохранилась) и Большом тихвинском (церковь Вознесения Господня, 1593 г.) монастырях. Последней, единственной сохранившейся постройке и был, по мнению исследователей, подобен надвратный Благовещенский храм. Согласно описи 1660 г., он был «о два шатра, крест опаен немецким железом, одна глава опаена по чешуе немецким железом, другая глава крыта черепицею муравленою». Однако исследователи полагают, что вряд ли храм конца XVI в. был двухшатровым, как это следует из буквального прочтения описи. По их мнению, как шатровое было описано многорядное покрытие по кокошникам, закрытое четырёхскатными кровлями. Во второй половине XVII в. Благовещенский храм был перестроен. Он представляет собой одноглавую постройку под четырёхскатной кровлей с тремя сильно выступающими апсидами с полуциркульным завершением.