В нишах центральных закомар на фасадах собора помещались фресковые композиции (частично сохранились на южном – «Преображение Господне», на западном – «Христос с припадающим Евфимием и неизвестным святителем»), стилистические черты которых (пропорции) позволяют исследователям датировать их второй половиной XVI в. Первоначальный иконостас собора был заменён в 1660 гг. новым, который включил 17 икон деисусного чина, 19 икон праздников, 19 икон пророческого ряда и 17 праотеческого. Особенностью ансамбля является апостольский деисусный чин, в чём он, как и в составе других чинов, повторил московские иконостасы: Преображенского собора Новоспасского монастыря (1649 г.) и Успенского собора Московского Кремля (1653 г.) – оба ансамбля связаны с начинаниями настоятеля Новоспасского монастыря, а позднее патриарха Никона. Суздальский иконостас писала большая артель, куда, как полагают исследователи, входили иконописцы разных художественных центров, последовательно освоивших как классическую традицию московского искусства, так и декоративные приёмы поволжских мастеров. Серебряные оклады, относящиеся ко времени создания живописи икон, изготовили московские и ярославские серебряники. Иконы иконостаса вошли в коллекцию музея Андрея Рублёва, усилиями сотрудников этого музея были спасены от гибели. В музее находятся также пять икон местного ряда иконостаса, датируемых концом XVII в. В кратком Житии Евфимия сообщается о строительстве им каменного тёплого храма во имя Иоанна Лествичника с трапезной, «идеже собираются братия вкупе в зимняя дни на пения и на ядения, създа же под трапезою погреб камен и пеколницу каменоу на потребу братству всемоу». Как сообщает Житие, когда число насельников возросло, была построена деревянная церковь во имя Николая Чудотворца с деревянной трапезной на каменном подклете. Однако сведения о каменной трапезной XIV в. исследователи считают сомнительными: первая известная каменная трапезная (московского Чудова монастыря) относится только к середине XV в. Тёплый каменный храм во имя Иоанна Лествичника с трапезной был возведён в 1523–1525 гг. по жалованной грамоте от 22 июля 1523 г. великого князя Василия III, выданной архимандриту Кириллу. Эта грамота может помочь исследователям прояснить датировку составления краткой редакции Жития. Скорее всего, она была составлена после середины 1520 гг., когда в монастыре уже стояли каменный собор и каменная трапезная, отнесённые составителем ко времени Евфимия. Считалось, что сохранившаяся шатровая трапезная церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы и есть постройка, упомянутая в жалованной грамоте великого князя Василия III. Автор книги «Суздаль и его достопамятности» впервые обратил внимание на несовпадение посвящений трапезной церкви Иоанна Лествичника 1523–1525 гг. и церкви в честь Успения Пресвятой Богородицы с приделом мученика Диомида, фигурирующей в писцовой книге конца 1620 гг. По мнению исследователей, храм был перестроен на средства вкладчика конца XVI в. Диомида Иванова Черемисинова, устроившего при трапезной церкви придел во имя тезоименитого ему святого. Тем не менее, в исследованиях советского времени шатровую Успенскую церковь датировали 1525 г.