По его инициативе Читинское миссионерское училище было преобразовано из начальной школы в низшее образовательное учебное заведение ведомства православного вероисповедания, где готовили для миссионерской работы кандидатов в псаломщики и дьяконы. В училище среди прочих дисциплин преподавали бурятский язык и методы миссионерской работы. С 1913 г. Ефрем стал редактором неофициального отдела «Забайкальских епархиальных ведомостей». 5 октября 1916 г. был высочайше утверждён доклад Святейшего Синода о восстановлении в Забайкальской епархии Селенгинского викариатства и назначении на эту кафедру Ефрема. 20 ноября он был хиротонисан во епископа Селенгинского. Хиротонию, состоявшуюся в читинском Александро-Невском соборе, возглавил Забайкальский и Нерчинский епископ Мелетий (Заборовский). После Февральской революции 1917 г. Забайкальский комитет общественной безопасности потребовал удалить Ефрема на покой в монастырь за пределы епархии как «зарекомендовавшего себя всей прошлой деятельностью ярым реакционером». В квартире Ефрема был произведён обыск, против архиерея была начата кампания в местной печати. Ефрем участвовал в поместном Соборе РПЦ 1917–1918 гг. как заместитель епископа Забайкальского Мелетия, обсуждал проекты соборных постановлений о приходском уставе, бракоразводных вопросах и др. Исследователи полагают, что он был одним из инициаторов прославления Иркутского епископа Софрония (Кристалевского). В конце 1917 г. или в начале 1918 г. подвергался кратковременному аресту, но не изменил своих убеждений, выступал как противник революции и большевизма. Во время обсуждения Патриаршего воззвания об анафематствовании гонителей церкви 22 января 1918 г. характеризовал большевизм как сатанизм и антихристианство, называл революционную смуту карой Божьей за вероотступничество, измену и предательство. Ефрем также обличал интеллигенцию, подготовившую свержение монархии. 17 февраля, во время обсуждения соборного постановления по поводу ареста Камчатского епископа Нестора (Анисимова, впоследствии митрополит), заявил: «Раз Собор должен сделать выступление, то не по отношению к одному лицу. Собор должен выразить негодование и призвать верующий народ к защите страждущих в подобных случаях». 2 июня (по другим данным, 30 мая) 1918 г. по обвинению в «погромной агитации» Ефрем был арестован вместе с протоиереем Иоанном Восторговым, с которым Ефрема связывали давние дружеские отношения, а также совместная миссионерская работа и деятельность в СМА. Помещён в Бутырскую тюрьму. 5 сентября расстрелян около Братского воинского кладбища (по другим данным, на Ходынском поле) вместе с протоиереем Иоанном и бывшими высшими государственными чиновниками (сенатор Степан Петрович Белецкий, министры внутренних дел Николай Алексеевич Маклаков и Алексей Николаевич Хвостов, председатель Государственного совета Иван Григорьевич Щегловитый). Смерть принял спокойно, перед расстрелом благословил других приговорённых. Погребён в общей безвестной могиле на месте казни. Прославлен архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.