Священнику Епифанию Кузнецову как руководителю духовной миссии удалось терпеливой проповеднической работой удержать колеблющихся бурят от вероотступничества. На основе своего опыта писал и регулярно публиковал в Чите и Москве статьи о миссионерской деятельности в Забайкалье. Как инспектор Учительских курсов при Читинском миссионерском училище руководил сбором средств на строительство нового здания училища (заложено 16 мая 1907 г.). В это же время работал в штате Забайкальского епархиального училищного совета, был председателем экзаменационной комиссии для испытания лиц, ищущих священства, дьяконского сана и псаломщических мест, исполняющим должность председателя Совета женского епархиального училища, казначеем братства во имя равноапостольных Кирилла и Мефодия. 29 апреля 1907 г. Епифаний Кузнецов был возведён в сан протоиерея. Выступал как активный сторонник правого, консервативно-монархического направления. 14 сентября 1908 г. председательствовал на состоявшемся у него на квартире по благословению епископа Мефодия учредительном собрании патриотической организации, принявшей решение о присоединении к Союзу Михаила Архангела (СМА). Стал председателем палаты Читинского (с 30 ноября 1908 г. – Забайкальского) отдела СМА. Деятельность отдела носила преимущественно просветительный и благотворительный характер: устраивались народные чтения и вечера, готовилось открытие артели для безработных. При этом протоиерей Епифаний Кузнецов считал важным направлением деятельности отдела СМА противостояние революционным группам вместе с государственными правоохранительными учреждениями, требовал «усугубить к евреям строгость закона». Участвовал в организованном протоиереем Иоанном Восторговым Всероссийском съезде русских людей (сентябрь-октябрь 1909 г.), был одним из секретарей отдела церковных вопросов, выступал с докладом. Протоиерей Епифаний Кузнецов награждался набедренником (1899 г.), скуфьей (1904 г.), камилавкой (1906 г.), наперсным крестом (1909 г.). 17 октября 1909 г. Волынским архиепископом Антонием (Храповицким) пострижен в монашество с наречением имени Ефрем. 25 октября возведён Финляндским архиепископом Сергием (Страгородским, впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) в сан архимандрита. В 1910 г., после аннексии Кореи Японией, в связи с увеличением притока в Забайкалье корейских иммигрантов, многие из которых сами проявляли интерес к православию, перед Ефремом как руководителем Забайкальской духовной миссии возникли новые задачи. Летом 1911 г. Ефрем после предварительного оглашения крестил в реке Чите (Читинке) 65 корейцев. Впоследствии в праздничные дни также нередко принимали крещение по 10-20 человек. В том же году для православного просвещения корейцев в Чите была устроена особая катехизическая школа, учреждён журнал «Православие» на корейском языке, общий надзор за деятельностью которого производил Ефрем.