Вместе с находившимся в Ростове в ссылке митрополитом Иосифом (Петровых) Евгений подписал обращение от 6 февраля 1928 г. митрополита Агафангела и викариев Ярославской епархии архиепископов Угличского Серафима (Самойловича) и временно управляющего Любимским викариатством Варлаама (Ряшенцева), адресованное митрополиту Сергию, в котором говорилось о разрыве канонического общения с Заместителем Патриаршего Местоблюстителя и об отказе признать за ним право на высшее управление церковью. Постановлением Заместителя Патриаршего Местоблюстителя и Временного Священного Синода от 11 апреля 1928 г. Евгений в числе других виновников церковных нестроений был уволен от управления Ростовским викариатством, запрещён в священнослужении впредь до раскаяния или решения архиерейского суда. В вину Евгению были также поставлены его прежние неоднократные нарушения церковной дисциплины, ранее оставленные без взыскания. 10 мая вместе с митрополитом Агафангелом и архиепископом Варлаамом Евгений подписал обращение к митрополиту Сергию с разъяснениями, что они не прерывали и не прерывают молитвенного общения с Заместителем Патриаршего Местоблюстителя и принципиально не отрицают его первоархиерейской власти. 30 мая 1928 г. Заместитель Патриаршего Местоблюстителя и Временный Священный Синод постановили не приводить в исполнение своё постановление от 11 апреля в части, касающейся архиереев Ярославской епархии. В отношении Евгения в постановлении было особо указано, что снисхождение ему делается только из уважения к авторитету его епархиального архипастыря и в надежде, что он впредь «свои таланты употребит на угождение не себе, но Богу и Церкви». Евгений предполагал созвать осенью 1928 г. ростовский общеуездный съезд духовенства и мирян, но 7 августа вновь был арестован. Его обвинили в «антисоветской агитации», «религиозной обработке молодёжи» и организации церковной благотворительности. 28 октября особым совещанием при Коллегии ОГПУ приговорён к трём годам ссылки в Казахстан. Проживал в городе Кзыл-Орда. Прервал каноническую связь с Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием и перешёл в подчинение митрополита Иосифа (Петровых) «по мотивам личного характера», однако не принимал активного участия в иосифлянском движении. В октябре 1929 г. был арестован, этапирован в ярославскую тюрьму. Проходил по делу «Ярославского филиала Истинно-Православной Церкви». В 1930 г. приговорён к трём годам ссылки в Казахстан, проживал в Алма-Ате.