В сводной статье «Повести временных лет…» 1090 г. (в рукописях группы Лаврентьевского списка – 1089 г.) в связи с сообщением об освящении Ефремом кафедрального собора архангела Михаила упомянуты многочисленные каменные постройки, появившиеся в Переяславле при митрополите: при нём был завершён или, возможно, перестроен кафедральный собор (Ефрем церковь «бе создал велику сущу и пристрои ю великою пристроею», обеспечил её богослужебной утварью и убранством, «украсив всякою красотою церковными сосуды»), заложены церкви великомученика Феодора на городских воротах и апостола Андрея близ ворот, городские стены и даже «строение баньное камяно» (т.е. по греческому образцу вместо привычных деревянных бань), так что летописец не без удивления замечает: «Сего же не бысть преже на Руси». Эти постройки не сохранились, но их остатки изучены археологами. Храм архангела Михаила был большим пятинефным зданием, украшенным мозаиками и фресками. Роскошную декорацию имело «баньное строение», содержавшее инкрустации из цветного мрамора, фрагменты мозаик, мраморные колонны. Иногда в литературе Ефрему приписывается строительство каменного Богородицкого собора в Суздале на основании известия Лаврентьевской летописи под 1222 г., что «та бо церкы создана… Володимером Мономахом и блаженым епископом Ефремом». В тождестве поименованного здесь «блаженого епископа Ефрема» с этим Ефремом у исследователей нет сомнений, но этому сообщению противостоят данные Киево-Печерского патерика о постройке суздальского собора сыном Владимира (Василия) Всеволодовича Мономаха Ростово-суздальским князем Юрием (Георгием) Владимировичем Долгоруким. Есть в источниках и более определённые следы деятельности Ефрема по церковному устроению Ростово-Суздальского края: известно, что он даровал Киево-Печерскому монастырю подворье в Суздале с церковью великомученика Димитрия, которое снабдил земельными владениями («сёлами»). Деятельность архиерея в Переяславле выходила за рамки собственно церковной, вторгаясь в область гражданской администрации, что свидетельствует о весьма тесном сотрудничестве Ефрема с княжеской властью в делах управления. Переяславский стол занимал тогда младший сын Киевского князя Всеволода Ярославича (1078–1093 гг.) юный Ростислав. Похоже, это сотрудничество проявлялось и во внешней политике: не названным по имени Русским митрополитом, который в январе и ноябре 1086 г. участвовал в заседаниях постоянного Патриаршего Синода в Константинополе, мог быть только Ефрем, т.к. Черниговский митрополит Неофит умер в 1085 г., а Киевский митрополит Иоанн II находился в это время на Руси. Исследователи не исключают, что в Константинополь Ефрема привели собственные дела, но в то же время вряд ли случаен визит русского иерарха в византийскую столицу сразу после получения в Киеве в 1085 г. послания римского антипапы Климента III о воссоединении церквей, которое исследователи рассматривают в контексте переговоров с германским императором Генрихом IV, покровителем Климента III.