Вернувшиеся в Москву из полков воеводы князья Иван Фёдорович Бельский и Иван Михайлович Воротынский с сыном Владимиром были арестованы по обвинению в желании «отъехать в Литву». Командующий войском князь Дмитрий Фёдорович Бельский, возглавлявший в конце правления Василия III Боярскую думу, был отдан на поруки, а его имущество переписано. В Москве был арестован князь М.Л. Глинский, обвинённый в том, что он давал «зелье» Василию III во время его болезни, недолгой опале подверглись мать и братья Елены Васильевны. Чем были вызваны эти аресты и соответствовали ли обвинения действительности, для исследователей остаётся неясным, однако именно после этих событий изменились формуляры великокняжеских повелений в летописных текстах: теперь великий князь Иван IV и его мать совместно принимают решения, «помысля» с боярами. После репрессий у власти остался тот круг советников, который ведал государственными делами в годы правления великого князя Василия III. Другим результатом событий было возвышение князя Ивана Фёдоровича Овчины Телепнёва-Оболенского, который получил сначала чин боярина, затем конюшего и стал одним из руководителей Боярской думы. В Польше и Германии распространились слухи об интимной связи Елены Васильевны с И.Ф. Телепневым-Оболенским. На приёме литовских послов в конце 1536 г. князья Василий Васильевич Шуйский и И.Ф. Телепнёв-Оболенский стояли по сторонам великокняжеского трона. Положение великой княгини в эти годы настолько укрепилось, что в январе 1536 г. Елена Васильевна вместе с Иваном IV принимала бывшего казанского хана Шах-Али и приказывала от имени Ивана и Юрия Васильевичей говорить ему речи. Сразу же после смерти Василия III международное положение Русского государства серьёзно осложнилось. Пытаясь вернуть земли, утраченные в прежних русско-литовских войнах, король Сигизмунд I отказался подтвердить мирный договор на имя нового русского государя; в 1534 г. активизировались нападения литовских войск на пограничные русские города. В конце осени при участии митрополита Даниила было принято решение о войне. Войско во главе с князьями Михаилом Васильевичем Горбатым-Шуйским и И.Ф. Телепнёвым-Оболенским, к которому присоединились полки из Великого Новгорода, повернуло назад в сорока верстах от Вильно. Особенно опасная ситуация сложилась летом 1535 г., когда на Чернигово-Северскую землю направились главные литовские силы, к которым присоединилось наёмное польское войско. Были заняты Гомей, Почеп, Радогощ, после шестинедельной осады штурмом был взят Стародуб. Однако в дальнейшем литовцам удалось удержать только Гомей. Уже в феврале 1536 г. виленский воевода Юрий Николаевич Радзивилл обратился к И.Ф. Телепнёву-Оболенскому с предложением начать мирные переговоры. В начале 1537 г. был заключён мирный договор, по которому Великому княжеству Литовскому отошёл Гомей, а Русскому государству – ряд волостей на новгородской границе, где во время войны были поставлены пограничные крепости Себеж и Велиж. Под воздействием сообщений об успехах литовских войск летом 1535 г. в находившемся под русским протекторатом Казанском ханстве 25 сентября 1535 г. произошёл переворот: ставленник великого князя Василия III Джан-Али был убит, новым казанским ханом стал крымский царевич Сафа-Гирей.