Вместе с тем неизменной остаётся принципиальная установка: человек рассматривается как творение Божье, имеющее природную связь с Творцом. По словам Бонавентуры (XIII в.), следующего в этом влиятельной августинианской традиции, религиозная истина о существовании единого Бога «является врождённой для разумной души (menti rationali), в том смысле, в каком она является образом, благодаря чему в неё всеяны естественные (naturalis) стремление, знание и память о Том, по Чьему образу она сотворена», однако в силу греховной повреждённости человек нуждается в помощи благодати, вне действия благодати полноценная религиозная связь (как теоретическая, так и практическая) человека с Богом невозможна. Зарождающееся в эпоху Ренессанса переосмысление природы человека на секулярных основаниях обусловило коренное отличие между теми представлениями о естественной религии, которые обнаруживаются в христианском богословии, и интерпретацией естественной религии в рамках рационализма Нового времени. В первом случае христианство признаётся абсолютной религиозной истиной, тогда как другие религии, «естественные» для человека в силу его изначальной принадлежности к ним (в результате рождения и воспитания среди их носителей), а также элементы знания о Боге, доступные для всякого человека из анализа окружающего мира, – лишь частями религиозной истины, её отголосками и смутными отблесками. Таким образом, истинность всяких религиозных воззрений и практик, включая «естественные», зависит от степени их близости к христианскому учению о Боге, мире и человеке. Напротив, у многих настроенных негативно и враждебно по отношению к христианству мыслителей Нового времени истинность христианства как религии сознательно релятивизировалась, а стремление к христианству как к религиозному идеалу подменялось искусственными попытками реконструировать или построить некую общечеловеческую «религию разума», в которую специально отобранные отдельные истины христианства оказались бы включёнными на равных правах с истинами других религий. Систематическое развитие и осмысление понятие «естественная религия» получает в религиозной философии и теологии Европы начиная с эпохи Просвещения, когда оно было введено как общеупотребительный термин сторонниками деизма. В рамках деизма под естественной религией понимались имеющиеся у человека представления о Боге и религиозной практики, необходимость и истинность которых могут быть обоснованы исключительно силами природного (естественного) человеческого разума (ratio naturalis). Такая естественная религия признавалась доступной для каждого человека, независимо от его принадлежности к той или иной традиционной религии, поскольку она в неявном виде содержит в себе все рациональные элементы любой положительной религии. Деист Ч. Блант (1654–1693 гг.) в сборнике статей реальных и вымышленных авторов, выпущенном в свет под общим названием «Правила Разума», от имени своего корреспондента определял естественную религию как «веру в вечное разумное Сущее (Being), сопряжённую с обязанностью, которую мы ощущаем по отношению к Нему».