3 сентября в письме к членам Священного Синода Ермоген взял на себя ответственность за инициативу и текст заявления, признавая как обоснованность своих действий, так и их ошибочность. Ермоген просил у патриарха прощения за написание заявления от имени «группы архиереев» и заявил, что намерен «во избежание всяких кривотолков» показать его подлинник председателю Совета по делам РПЦ В.А. Куроедову. В последние месяцы 1965 г. на Ермогена усилилось давление местных властей. 24 ноября Ермоген подал патриарху Алексию I заявление, в котором сообщалось о письмах председателя Калужского облисполкома в Совет по делам РПЦ о нежелательности пребывания архиепископа в должности управляющего епархией. Отрицая инкриминируемые ему калужскими властями «противозаконные действия», Ермоген, тем не менее, в создавшемся положении счёл невозможным дальнейшее пребывание на Калужской кафедре и просил о переводе в другую епархию. 25 ноября решением Священного Синода Ермоген был освобождён от управления Калужской епархией и из-за отсутствия в тот момент вакантной кафедры уволен на покой с определением местом пребывания Жировицкого Успенского монастыря. В связи с давлением на церковь со стороны светских властей, крайне негативно воспринимавших активную общественную позицию Ермогена, его назначение на новую архиерейскую кафедру не последовало. В 1966 г. Ермоген дважды передавал в адрес патриарха Алексия I обращения по поводу того, что он находится на покое «вынужденно и необоснованно», и просил о назначении его на одну из освободившихся к тому времени архиерейских кафедр. 25 ноября 1967 г. Ермоген обратился с заявлением к патриарху Алексию I, связав своё оставление за штатом с неприемлемым по церковным канонам и гражданским законам вмешательством Совета по делам религий в деятельность патриархии, в частности, в архиерейские назначения. В заявлении Ермоген также высказал мнение о неканоничности, на его взгляд, порядка поставления епископов путём назначения. О принципах соборного архиерейского поставления подробно говорилось и в составленной Ермогеном записке «К пятидесятилетию восстановления Патриаршества: (Историко-каноническая и юридическая справка)», которая, как и заявление патриарху, была опубликована в «Вестнике РХСД» (Париж). Анализируя порядок формирования высшего церковного управления, Ермоген противопоставлял «Положению об управлении РПЦ», принятому на Поместном соборе 1945 г., определения Поместного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг., стоящие, на его взгляд, на более высоком каноническом уровне. В записке Ермоген вновь остановился на отрицательном значении для церкви изменений, которые произошли в приходском управлении в 1961 г., показав несостоятельность нового положения о приходах не только в каноническом плане, но и по гражданским законам. В заключение он писал о «печальном состоянии» РПЦ в год 50-летия восстановления патриаршества, указывая, что «для жизни Церкви существенно необходимы свобода и независимость её внутренней организации». Обращение к патриарху и записка Ермогена, получившие известность как в СССР, так и за рубежом, вызвали крайнее недовольство советских властей, потребовавших от патриархии принять меры против находившегося на покое архиерея.