В Воронеже Епифаний встречал особ императорской фамилии: великого князя Николая Павловича (11-13 июля 1816 г., будущий император Николай I), великого князя Михаила Павловича (3-4 сентября и 8-10 октября 1817 г.), императора Александра I (27-28 мая 1818 г. и 23-25 июля 1820 г.). Как и епископ Арсений (Москвин) и епископ Антоний (Соколов), Епифаний препятствовал пещерокопательству казачьей вдовы Марии Константиновны Шерстюковой в слободе Белогорье. В конце 1817 г. министр духовных дел и народного просвещения князь Александр Николаевич Голицын предписал Епифанию и воронежскому губернатору Михаилу Ивановичу Бравину подробно изучить сведения о пещерокопательнице и пещерах. В 1817 г. император Александр I одобрил пещерокопательство и выделил 2,5 тыс. руб. на устройство в пещерах храма. 30 августа 1819 г. церковь была освящена во имя князя Александра Невского, небесного покровителя императора. Впоследствии, в 1882 г., при Белогорских пещерах был учреждён Белогорский в честь Воскресения Христова мужской монастырь. 26 сентября 1816 г. Епифаний освятил Преображенский храм слободы Белогорье Острогожского уезда, 22 мая 1822 г. – храм во имя Святой Троицы на торговой площади Воронежа (с 1836 по 1932 гг. – кафедральный собор Воронежа), в 1822 г. – домовую церковь Иоанна Богослова в здании Воронежской духовной семинарии. В архиерейском доме по инициативе Епифания была обновлена крестовая церковь и освящена в честь Рождества Христова (1825 г.). 19 июня 1823 г. Епифаний утвердил «план и фасад распространения» тёплой церкви в честь Покрова Пресвятой Богородицы (с 1948 г. – кафедральный собор Воронежа). В 1823 г. в Воронеже было открыто епархиальное попечительство о бедных духовного звания. 11 апреля 1817 г. вице-губернатор (1816–1817 гг.) Воронежа Михаил Леонтьевич Магницкий в письме графу Алексею Андреевичу Аракчееву так писал о Епифании: «Здешний преосвященный, пастырь благочестивый и добродетельный, также знает истинное всего положение. Он давно гремит с кафедры соборной против врагов внутреннего порядка и злоупотреблений; но те, к кому сие относится, мало исправляются, и прекрасное здешнее духовенство за истинно апостольские проповеди страдает от разных гонений полиции, которая в противность самых законов ставит к нему постой». Епифаний был погребён в приделе Благовещенского кафедрального собора. Могила утрачена. По его завещанию в 1826 г. в Воронежскую духовную семинарию было передано 213 книг на русском языке и 98 книг на иностранных языках. В Отделе редких книг научной библиотеки Воронежского государственного университета обнаружено 9 книг по философии и богословию, принадлежавших Епифанию.