Он писал, что особенно резко против него выступал присутствовавший на Соборе видный деятель санкт-петербургской поморской общины купец Иван Феоктистович Долгий, грозивший отлучить «всю вашу страну от церькви». На Соборе говорилось, что из-за Василия Емельянова «многия християнския страны от нашей церькви и Выгореции отстали и отлучились». О своей позиции Василий Емельянов сообщал, что «условно подписался, что брачившихся вскорости принимать не буду. А при том я им тогда изъяснялся, что я, хотя и учинил сие по означенной причине, впрочем таковыя супружества я признаю за честныя и законныя... Они на то подали мне согласие». Московские поморцы не признали решения Собора 1792 г. Об этом писал выговскому киновиарху Архипу Дементьеву член московской общины Иван Филиппов 4 марта 1794 г. Не отказался от своих взглядов и Василий Емельянов. Он не внял обращённой к нему в письме И.Ф. Долгого от 28 апреля 1794 г. просьбе присоединиться «к правому мудрованию и церькви» и 12 мая того же года ответил санкт-петербургскому поморцу письмом, в котором вновь доказывал возможность бессвященнословных браков. 25 июля 1794 г. Василий Емельянов составил на случай смерти «Исповедание», в котором вновь изложил свою позицию в отношении брака: «Почитаю истинное девство и к хранению онаго всеусердно увещаваю», но сочетавшихся браком без священника по установленному чину «законнобрачившимися нарицаю и детей их законнорожденными и законными наследниками родителскаго имения называю». Василий Емельянов разрешал принятие в согласие после выполнения епитимии «единомудрствующих» христиан, «необходимых ради причин» вошедших во «внешнюю церковь» (т.е. сочетавшихся браком в православной церкви), и запрещал всякое общение с «бракоборцами». В «Исповедании» Василий Емельянов отказался от своей подписи под решением Собора 1792 г. Со временем позиция выговских наставников изменилась. Тимофей Андреев, ранее написавший несколько «бракоборных» сочинений, признал брак необходимым и требовал созыва общего Собора для установления способов его совершения. В 1795 г. Архип Дементьев, желая водворить мир в поморском обществе, объявил, что не считает Василия Емельянова еретиком, а соединённых им браком христиан блудниками. В 1798 г. Гавриил Илларионович Скачков привёз с Выга мирное послание, в котором выговские отцы изъявили согласие с московской общиной по вопросу о браке. По другим вопросам внутристарообрядческой полемики Василий Емельянов занимал позиции, совпадающие с выговскими. В «царском богомолии» он считал наиболее приемлемой формулировку «державнои царице нашей» без «прилагательных имен». Поскольку упоминаемая Павлом Любопытным как сочинение Василия Емельянова «Апология о бытии антихриста в мире» в настоящее время неизвестна, исследователям остаётся положиться на мнение библиографа: «Относительно бытия антихриста в мире чувственно или духовно он твёрдо держал нейтралитет и признавал за лишнее о том спорить, яко не до веры принадлежащий предмет». На погребении Василия Емельянова 22 апреля 1797 г., как это прочно вошло в выговскую традицию, было произнесено два надгробных Слова («речи»).