Феофания находилась с Еленой до её кончины и упомянута в её духовной грамоте во главе монастырских стариц. В связи с гибелью ранних документов архива Новодевичьего монастыря (очевидно, во время набега крымского хана Девлет-Гирея и пожара Москвы в мае 1571 г.) исследователи не располагают точными данными ни о времени, в течение которого Елена управляла монастырём, ни о её сане, ни о составе монастырских земельных владений в тот период. Некоторые данные позволяют им считать, что во второй половине 1520 – 1540 гг. монастырские вотчины располагались в Бежецком Верхе, во Владимирском, в Дмитровском, в Кашинском, в Клинском, в Московском, в Рузском уездах. Незадолго до кончины Елена по благословению Московского митрополита Макария составила завещание (духовную грамоту), содержащее важные биографические сведения о самой составительнице, уникальные сведения по начальной истории монастыря. Она упоминает о своей слепоте и глухоте, о множестве «всяких немощей», постигших её в старости. Ко времени составления духовной Елена уже не возглавляла обитель (в документе упоминается игуменья «Евникея»), но, безусловно, пользовалась большим авторитетом. Завещание Елены является своего рода уставом для насельниц Новодевичьего монастыря, созданным, как указано в духовной, «советом» великого князя Василия III. Как полагают исследователи, положение настоятельницы в аристократической обители было нелёгким. Как следует из духовной, родственницы монахинь («кнеини» и «боярыни») стремились подолгу оставаться в обители, сохраняя мирской образ жизни – с прислугой, неуставными трапезами. Елена выступает как сторонница строгого общежития, в духовной она запрещает мирянкам жить в монастыре, монахиням не разрешает держать прислугу, иметь в кельях еду и напитки. В борьбе со злоупотреблениями она, по-видимому, опиралась на поддержку Первосвятителя Русской церкви (его имя она трижды упоминает в завещании) и великого князя. О существовании духовной близости между Еленой и Василием III свидетельствует завещание Елены, где упоминаются «слёзы, и моление тёплое, и горькое воздыхание» великого князя, горевавшего об отсутствии наследника. Молодого царя Ивана IV Васильевича Елена характеризовала монахиням как «пастыря, и кормителя, и промышленника во всём». В духовной приведены цитаты из Священного Писания, святоотеческих творений, Скитского патерика, что характеризует Елену как начитанного человека. Она является одним из адресатов послания Максима Грека «честным рабам и угодницам Христу Исусу Богу нашему игуменье Евникее и инокиням Елене, Анастасии и Феофании». В письме, отправленном около 1547 г., преподобный Максим благодарит монахинь за оказанную ему материальную помощь и даёт духовные наставления.