Вскоре после кончины Евфимия II по заказу Новгородского архиепископа Ионы Пахомий Логофет написал Житие святителя, что свидетельствует о раннем начале его местного почитания. Житие известно в немногочисленных списках XVI–XVII вв. Источниками агиографу послужили воспоминания людей, лично знавших Евфимия II. Хронологический порядок изложения отличается неточностью; в то же время, по замечанию Василия Осиповича Ключевского, Житие Евфимия II «обильно фактами... передаёт много живых биографических черт». Первоначальная редакция, по мнению В.М. Яблонского, была написана до 1464 г., когда Пахомий покинул Великий Новгород, она включала описание пяти чудес и заканчивалась Похвалой святителю. Несколько позже другой автор добавил рассказ ещё об одном чуде (в таком виде Житие было включено в Великие Минеи Четьи), впоследствии были присоединены описания ещё пять чудес. Вторая редакция по классификации В.М. Яблонского написана позднее с использованием помимо редакции Пахомия летописного материала. Её особенностью является отсутствие рассказов о чудесах. Особое краткое Житие Евфимия II помещено под 10 марта в Стишном Прологе на март-август, первой четверти XVI в. псковского происхождения (Рим. Библиотека Восточного папского института). Подобно большинству других русских Житий в составе этой рукописи (Василия Калики, Евфимия Суздальского и др.) текст уникален. Притом что это Житие в силу компилятивного характера лишено значения исторического источника, по мнению исследователей, факт его создания свидетельствует о распространении почитания Евфимия II в ранний период (между 1479 г. и 1510 гг.) за пределами Новгородской земли. Евфимий II в заглавии назван «великим Новоградьским новым чюдотворьцем, архиепископом Пьскова Великаго(!)». Единственной исторической реалией текста является свидетельство о его переходе из неназванной обители в монастырь «Спаса на Хутыню» и о поставлении в Новгородские архиепископы. В качестве источников использованы, как полагают исследователи, два Жития святителя из нестишного Пролога первой редакции. Начальная часть текста практически дословно следует за Житием Григория Великого (Двоеслова), помещённым в Прологе под 11 марта. Из него заимствованы известия о том, что Евфимий II жил в монастыре «близ Рима», и о посещении его ангелом. К неустановленному источнику восходят сведения заключительной части Жития об утверждении Евфимия II в архиепископском сане «Германом, патриярхом Коньстянтина града» (ни один из патриархов с этим именем не был современником Евфимия II), о сроке пребывания Евфимия II на кафедре (43 года и 2 месяца) и, по мнению исследователей, об исцелениях от его мощей. Память Евфимия II под 11 марта содержится в Минее новым чудотворцам 1494 г. Он был канонизирован к общерусскому почитанию на Соборе в 1549 г. Прославлен в «Слове на память всех святых новых чюдотворцев Росийских» второй половины XVI в. инока Григория Суздальского, в «Похвальном слове русским преподобным» 1640 гг. соловецкого книжника Сергия (Шелонина). Имя Евфимия II включено под 11 марта в «Палинодию» архимандрита Захарии (Копыстенского) 1622 г., в Месяцеслов келаря Троице-Сергиева монастыря Симона (Азарьина; 1650 гг.), в «Описание о российских святых» (XVIII–XIX вв.), в святцы Коряжемского монастыря 1621 г. – под 9 ноября, 6 января и 11 марта.