Их тогдашний глава, Филипп Дэбрэ-Бизэнский, был сослан в монастырь Дэбрэ-Хайк-Эстифанос, где находился под надзором местных монахов до 1404 г. Членов братства перестали допускать в храмы и рукополагать во диакона и иерея. На некоторое время евстафиане впали в беспоповство: во главе их общин встали не имевшие сана монахи с титулом «данйа» (амхар. дання, букв. – судья, смотритель). Впрочем, несмотря на официальный запрет, отдельные священники соглашались служить литургии в евстафианских монастырях. Светская власть сначала была солидарна с митрополитом в неприятии евстафиан, но уже в 1403 г. царь Давид II издал указ о возвращении лидеров евстафиан из изгнания и о даровании им свободы субботствования. Как полагают исследователи, он не был заинтересован в дальнейшем усилении власти митрополита и росте богатства и влияния поддерживавшей его Дэбрэ-Либаносской конгрегации. Впрочем, проявив милосердие к евстафианам, царь не стал ущемлять их противников: официальное исповедание коптского Александрийского патриархата, не признающее почитания субботы, осталось в силе как при дворе, так и в неевстафианских храмах. Однако первый шаг на пути превращения евстафиан в орудие борьбы эфиопских царей против политической и экономической независимости церкви был сделан. Ситуация качественно изменилась при царе Зара Якобе, по настоянию которого в 1450 г. на Соборе в Дэбрэ-Метмаке евстафианская доктрина о почитании двух суббот была официально признана Эфиопской церковью. Как полагают исследователи, идею субботствования внушил царю авва Георгий из Саглы. Одновременно царь наделил обширными земельными владениями монастыри Дэбрэ-Марьям и Дэбрэ-Бизэн, что положило конец их строгому нестяжательству. Семнадцатое посмертное чудо Евстафия, в котором он выступает защитником евстафиан на суде по вопросу земельных приобретений, наглядно показывает, насколько руководители конгрегации отошли к тому времени от первоначальных принципов движения, возникшего на волне протеста против церковного обогащения. В дальнейшем евстафиане не чуждались даже некоторой роскоши, проявившейся, например, в евстафианском стиле иллюминирования рукописей, который возник в последней трети XV в. Таким образом, различия между евстафианами и дэбрэ-либаносцами со временем несколько сгладились. Из особенностей евстафиан в позднейший период исследователи отмечают разделение на автономные конгрегации, образуемые небольшими группами монастырей, бóльшую степень закрытости от мира и бóльшую строгость в соблюдении постов и регламентации отношений между монахами в повседневной жизни. В XVI–XIX вв. меняется география евстафианских общин: они распространяются в Дэмбии, Бэгемдыре, Годжаме, где их влияние становится сильнее, чем на севере страны. В XVII в., во время богословского спора о соединении и помазании, первоначально разгоревшегося в Годжаме (а впоследствии охватившего всю Эфиопию), сторонниками учения о помазании выступили преобладавшие там евстафиане, дэбрэ-либаносцы защищали доктрину соединения. В настоящее время официальная позиция Эфиопской церкви сводится к унификации как богословских течений, так и монашеских уставов, однако в отдельных районах, особенно в монастырях, устоявшиеся традиции, в том числе евстафианские, остаются сильными.