В 1994 г. он оставил пост руководителя СЦЕХ, который занял Алексей Кириллович Иванов (с 1998 г. – президент СЦЕХ). На организацию оказывают сильное влияние американские евангелики; в её состав входят также общины методистов, пресвитериан и пятидесятников. В 1994 г. в Краснодаре был образован Евангельский христианский миссионерский союз (ЕХМС), который возглавил С.А. Бородин. ЕХМС при финансовой и организационной помощи Христианского миссионерского альянса организовал несколько общин на юге России. Помощь ЕХМС оказывает также миссия «Свет на Востоке». В 1998 г. союз получил статус общероссийской централизованной организации. Евангелическая русская (российская) церковь (ЕРЦ) была создана в Санкт-Петербурге Евгением Николаевичем Недзельским, который с группой единомышленников вышел из состава общины евангельских христиан и баптистов (ЕХБ) на Поклонной горе в Санкт-Петербурге. Первое богослужение состоялось в декабре 1990 г. Е.Н. Недзельский попытался создать протестантскую церковь «с русским лицом» путём совмещения протестантской службы (с центральным значением проповеди), общинной жизни, характерной для протестантских церквей, с традициями русской духовности и элементами православной литургии. Особенностями богослужения в ЕРЦ являются, в частности, наличие облачения у священнослужителей, использование свечей и икон, исполнение православных песнопений. В 2003 г. обнаружились «нравственные грехи пастора», в результате чего он сложил с себя полномочия пресвитера ЕРЦ и главного редактора радио «Теос», а позднее был отлучён общиной. Ассоциация церквей евангельских христиан (АЦЕХ) была создана в 1998 г. с помощью американской миссии «Восток-Запад» и Российского библейского центра. Основная часть общин находится под влиянием американских евангеликов, придерживающихся строго кальвинистских взглядов. 8 июня 2006 г. в Москве по инициативе руководства Российского союза ЕХБ и Ассоциации братских церквей ЕХБ состоялась конференция представителей церквей евангельских христиан и баптистов РФ, в которой приняли участие члены Российской ассоциации независимых евангельских церквей (РАНЕЦ), ЕХМС, Объединения свободных евангельских церквей (ОСЕЦ), АЦЕХ, СЦЕХ. Было принято решение об учреждении Общественного совета ЕХБ, а также положение об Общественном совете. Цель Общественного совета – содействие укреплению и объединению евангельских церквей, общественных и благотворительных организаций, учебных заведений, миссий и других христианских организаций, исповедующих вероучение евангельских христиан и баптистов. Исполнительным секретарём совета был избран вице-президент Ассоциации «Духовное возрождение» Валентин Григорьевич Василиженко.