При Екатерине II готовился указ о том, что все мусульмане, показавшие себя преданными империи и имевшие благородное происхождение, приравнивались в привилегиях к дворянству (этот указ был подписан только Павлом I в 1797 г.). Активное участие башкир в Пугачёвском восстании вызвало усиление контроля над их общинами. В 1782 г. из ведения башкирских старшин был изъят суд по мелким уголовным и гражданским делам, переданный нижним расправам, существовавшим параллельно с такими же расправами, занимавшимися делами русских крестьян. Указом от 22 сентября 1788 г. в Уфе было учреждено мусульманское Духовное собрание во главе с муфтием, заведовавшее муллами (кроме мулл Таврической области и западных губерний) и подведомственное Уфимскому наместничеству, а позднее канцелярии оренбургского губернатора. Указом от 23 января 1794 г. в Симферополе было открыто мусульманское Духовное правление для Таврической области и западных губерний во главе с муфтием. В результате муллам было определено государственное содержание, светская администрация стала решать вопросы о назначении мулл, а также споры и дела, подлежащие, согласно шариату, разбору в советах мулл и старшин. Она же следила за исполнением башкирами военной повинности (пограничная служба и участие в войнах). Ещё в 1769 г. в Казанской гимназии начали преподавать татарский язык и основы ислама. С поощрительной политикой по отношению к мусульманской культуре татар связана просветительская деятельность Сагита Хасановича Хальфина (1732–1785 гг.) и его сына Ибрагима Сагитовича Хальфина (1778–1829 гг.), составивших первую печатную татарскую азбуку (1778 г.), русско-татарский словарь (более 20 тыс. слов) и другие пособия. В 1787 г. в Санкт-Петербурге был напечатан арабский текст Корана с примечаниями. Принцип веротерпимости распространялся и на иудеев, число которых в России значительно возросло после разделов Речи Посполитой. Указами 1791 и 1794 гг. в местах компактного проживания евреев была установлена черта осёдлости, за пределами которой они проживать не могли, однако переход евреев в христианство снимал все ограничения. Освоение Сибири способствовало распространению православия среди местного населения. Появились целые деревни закрепившихся на земле крещёных бурят. На бурят и эвенков была возложена обязанность нести пограничную службу, защищая территорию от набегов монгольских ханов и тайшей. Вместе с тем это способствовало распространению среди бурят, особенно забайкальских, буддизма в форме ламаизма. В 1771 г. значительная часть калмыков, проживавших в междуречье Яика (Урала), Волги и Дона, на Тереке и исповедовавших ламаизм, перекочевала в Китай, в Астраханской губернии осталось около 13 тыс. семей. Некоторые из них (главным образом, из Придонья) были приписаны к казачьему сословию земли Войска Донского, и часть их постепенно перешла в православие. С начала царствования Екатерина II лично руководила внешней политикой, не передавая управление ею даже самым выдающимся из российских дипломатов того времени (например, Н.И. Панину, позднее Александру Андреевичу Безбородко). Новый внешнеполитический курс, по её мысли, заключался в том, что Россия должна была следовать собственным интересам, не подчиняясь влиянию какого-либо европейского государства.