Переговоры о союзе с Францией не дали результатов, и в 1726 г. был заключён союзный договор с Австрией, ставший основой внешней политики России до 1760 гг. Вице-президент Синода Новгородский архиепископ Феодосий (Яновский) публично критиковал церковную политику Петра I и Екатерины I Алексеевны и заявлял, что «духовные пастыри весьма порабощены». После нескольких отказов архиепископа Феодосия явиться к царскому столу в Тайной канцелярии началось следствие о «злохулительных словах про их императорское величество». Архиепископ Феодосий 27 апреля 1725 г. был арестован, а 11 мая того же года осуждён к вечному заточению в Корельском во имя святителя Николая Чудотворца монастыре, где и умер. Главным событием в церковной жизни стало разделение 15 июля 1726 г. Святейшего Синода на два департамента. Первый департамент состоял из архиереев и ведал исключительно духовными делами и цензурой; второй (Коллегия экономии синодального правления) – из светских чиновников, которые занимались судебными делами духовенства, определением на жительство в монастыри отставных солдат и офицеров, управлением церковными вотчинами (доходы с них поступали в департамент, эти средства не могли расходоваться без определения Камер-коллегии). Должность обер-прокурора осталась вакантной, главную роль в первом департаменте стал играть Новгородский архиепископ Феофан (Прокопович). Синод перестал называться Правительствующим, использовались названия «Святейший Синод» и «Духовное собрание». Екатерина I Алексеевна подтвердила и дополнила распоряжения, введённые Петром I и касавшиеся жизни монастырей. Без ограничений разрешалось пострижение лишь вдовым священникам, все остальные должны были получать разрешение Святейшего Синода. Беглых монахов предписывалось предавать суду и публично наказывать плетьми. В 1726 г. по ходатайству стольника Андрея Шепелева была восстановлена Оптина пустынь, упразднённая в 1724 г. Школа при Александро-Невском монастыре (впоследствии лавра) в 1726 г. преобразована в семинарию. По настоянию А.Д. Меншикова Екатерина I Алексеевна объявила наследником великого князя Петра Алексеевича, которого А.Д. Меншиков собирался женить на своей дочери Марии. Пётр Андреевич Толстой и генерал-полицеймейстер Антон Мануилович Девиер хотели передать престол дочерям Петра I. В апреле 1727 г. у Екатерины I Алексеевны началась лихорадка, по позднейшему заключению врачей – воспаление или «некакое повреждение в лехком». А.Д.  Меншиков добился от неё указа об аресте А.М. Девиера, затем были арестованы П.А. Толстой и их сторонники. Следствие проходило в спешке и под давлением А.Д. Меншикова. Доклад и приговор были готовы к вечеру 6 мая того же года, в последние часы жизни Екатерина I Алексеевна подписала документы. Тогда же при участии А.Д. Меншикова было составлено завещание в пользу Петра Алексеевича. Екатерина I Алексеевна уже не могла подписать его, и краткий «экстракт» завещания подписала Елизавета Петровна. Гроб с телом Екатерины I Алексеевны был поставлен в часовне внутри недостроенного Петропавловского собора в Санкт-Петербурге, рядом с гробом Петра I. 29 мая 1731 г. после завершения строительства собора она была похоронена вместе с Петром I у южной стены перед алтарём.