С отроческими годами связано чудесное исцеление Евфимия Святогорца. Иоанна беспокоило, что сын почти не владеет родным языком. Когда юноша после окончания учёбы вернулся из Константинополя на Афон, он тяжело заболел и от слабости не мог говорить. Отец горячо молился в храме перед иконой Божьей Матери и затем попросил священника причастить умирающего сына. Вернувшись в келью, он ощутил необыкновенное благоухание и увидел Евфимия Святогорца сидящим на постели. Юноша рассказал, что к нему вошла окружённая славой Царица и спросила: «Что случилось с тобой, Евфимий?» Он ответил, что умирает, и тогда Пресвятая Дева сказала: «У тебя больше ничего не болит. Встань и хорошо говори по-грузински». После этого случая Евфимий Святогорец «получил необыкновенную благодать и дар знания грузинского языка». Иоанн, «дабы преумножить благодать, данную тебе (сыну) Господом» и поскольку «страна Картли имеет большую нужду в книгах и многих книг недостаёт», благословил сына на переводческую деятельность. Услышав о чуде, Афанасий Афонский убедил Евфимия Святогорца принять сан. В 975 г. Евфимий Святогорец приступил к переводу книг. В середине 990 гг.  Иоанн тяжело заболел и поручил сыну заботы о монастыре и братии, насчитывавшей на тот момент уже около 300 человек. В 1005 г. (по церковной традиции в 998 г.) он, предчувствуя близкую кончину, благословил Евфимия Святогорца стать настоятелем монастыря, а послушание духовника братии передать родственнику Георгию Святогорцу, с тем чтобы тот в случае смерти Евфимия Святогорца принял и настоятельство. Евфимий Святогорец ввёл в монастырский устав Ивирона «Правила и распорядки, утверждающие в вере», основанные на дисциплинарных и нравственных принципах. Текст сохранился только в «Житии... Иоанна и Евфимия...», где перечислено 42 пункта «Правил…», характеризуя которые Георгий писал: «Каким был он, блаженный отец наш Евфимий, преисполненный благодати небесной, такие и правила и распорядки учредил он в своём монастыре». Общемонастырские дела при Евфимии Святогорце рассматривал совет монастырской братии, а частные – эконом. Настоятельство отнимало у Евфимия Святогорца много времени, и это сказывалось на его переводческой деятельности. По совету своих сподвижников, Арсения Ниноцминдского и Иоанна (Грдзелидзе), в 1019 г. он передал управление монастырём Георгию, но продолжал «надзор за ходом дел» и в Ивироне, и по просьбе Афанасия Афонского в Великой Лавре, а также ходатайствовал о пособиях и помощи афонским монастырям перед византийским императором. Георгий характеризует Евфимия Святогорца как труженика, молитвенника и строгого постника: святой раньше всех приходил в храм и отстаивал всю службу; по понедельникам, средам и пятницам не выходил из кельи и держал строгий пост: лишь после захода солнца вкушал воду и хлеб; был «примером для всей братии... никогда ни в чём не давал себе отдыха»; носил лохмотья и поверх них железные цепи. Два раза в месяц Евфимий Святогорец «преподавал братиям... поучения и наставления в духовной жизни», и «слово из священных уст его, исполненное мудрости и утешения, источало для всех врачевство духовное». По свидетельству агиографа, Евфимий Святогорец был близким духовным другом Гавриила Иверского (Святогорца) и «блаженного Леона, основателя обители римской на Афоне», часто вёл с ними духовные беседы.