Управлял Алавердской (19 сентября. 1927 г. – 26 марта 1928 г.), Бодбийской (26 марта – 2 октября 1928 г.), Урбнисской (24 октября 1930 г. – 8 декабря 1937 г.) и Цилканской епархиями. В связи с болезнью Католикоса-Патриарха также вёл дела Тифлисской епархии. Был настоятелем тифлисской церкви во имя великомученицы Варвары (29 января 1929 г. – 8 декабря 1937 г.), председателем церковного епархиального суда, ревизором свечного завода и складов. 8 декабря 1937 г. вместе с митрополитом Кутаисско-Гаенатским Варлаамом (Махарадзе) по обвинению в антисоветской деятельности осуждён Особой тройкой НКВД и сослан на десять лет в ИТЛ на Урале (работал на лесопилке). 27 апреля (или 6 мая) 1944 г. по личному ходатайству Католикоса-Патриарха Каллистрата (Цинцадзе) тяжелобольной Ефрем был досрочно освобождён. Возвращаясь в Грузию, Ефрем в Новосибирске подошёл под благословение к архиепископу Новосибирскому и Барнаульскому Варфоломею (Городцову). Узнав, что Ефрем – грузинский епископ, архиепископ Варфоломей, долгое время служивший в Грузии, отвёз его домой и несколько недель лечил больного. 24 октября 1944 г. Католикос-Патриарх Каллистрат назначил Ефрема на Кутаисско-Гаенатскую кафедру (до 27 сентября 1952 г.). Ефрем был одним из составителей «Положения об управлении Грузинской Православной Церковью», принятого 28 марта 1945 г. на Соборе ГПЦ; его подпись стоит после подписей Католикоса-Патриарха Каллистрата и митрополита Урбнисского Мелхиседека (Пхаладзе; впоследствии Католикос-Патриарх). Ефрем оказывал материальную помощь семьям военнослужащих, находившихся на фронте; внёс 75 тыс. рублей в фонд Комитета Красного Креста, за что получил благодарность правительства и награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1945 г.). 12 июля 1945 г. Ефрем был возведён в сан митрополита с правом ношения на клобуке бриллиантового креста; подарен Патриархом Московским и всея Руси Алексием I (Симанским). Управлял Аргветской, Ниноцминдской, Цагерской епархиями. Ефрем входил в состав делегации ГПЦ на торжествах, посвящённых 500-летию автокефалии Русской православной церкви, являлся участником Совещания Глав и Представителей автокефальных православных церквей, проходившего в Москве (июль 1948 г.). Председательствовал на IX Соборе ГПЦ, 5 апреля 1952 г. избравшего Католикосом-Патриархом митрополита Урбнисского Мелхиседека III (Пхаладзе). В правление этого Католикоса-Патриарха Ефрем был награждён второй панагией (апрель 1952 г.), правом ношения бриллиантового креста на скуфье (1957 г.) и митре (1958 г.). Управлял Чкондидской епархией (27 сентября 1952 г. – 8 сентября 1953 г.), а также Батуми-Шемокмедской (8 сентября (или 29 октября) 1953 г. – 11 января 1960 г.), включившей территорию Чкондидской епархии. Ефрем заботился о восстановлении и об украшении храмов Грузии: перестроил, соблюдая грузинский стиль, иконостас мцхетского кафедрального собора Светицховели во имя Двенадцати апостолов; восстановил церковь во имя св. Нины на территории монастыря Бодбе; содействовал перенесению мощей мучеников Давида и Константина Аргветских в монастырь Моцамета; выстроил 2-этажный епархиальный дом с гостиницей в Батуми; отреставрировал кафедральный собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы в Батуми (1958–1959 гг.).