Личность императора Льва I Маркелла (457– 474 гг.) вызывает сочувствие историка. Евагрий Схоластик уделяет большое внимание усилиям императора по поддержанию церковного единства, содержанию его «Окружного послания» (468 г.), которым подтверждались определения Халкидонского собора (приведён текст документа). Отдельная тема книги – падение Западной Римской империи: убийство полководца Флавия Аэция (ум. в 454 г.), императора Валентиниана III (425–455 гг.) и разграбление Рима вандалами в 455 г., история последних римских императоров 460–470 гг. Третья книга (события 474–518 гг.) повествует о времени правления императоров Зинона (474–491 гг.) и Анастасия I Дикора (491–518 гг.), о борьбе между сторонниками и противниками Халкидонского собора за влияние в церквах Востока, в основном в Александрийской и Антиохийской. В связи с деятельностью ересиархов Тимофея II Элура, Петра III Монга (477, 482–489 гг.), Севира (512–518 гг.) изложена история принятия «Энотикона» императора Зинона, приведён текст этого документа; освещается история возникновения Акакианской схизмы. Евагрий Схоластик описал события войны между императорами Зиноном и Василиском в 474–476 гг., восстания против Зинона Теодориха Скифа, Маркиана, Илла. Правление императора Анастасия I Дикора освещается автором кратко, но есть упоминание об отмене налога с городского населения (хрисаргира). Евагрий Схоластик доброжелательно относится к этому императору, в то же время сочувствует низложенным им Константинопольскому патриарху Македонию II (495/496 – 511 гг.) и Антиохийскому патриарху Флавиану II (498–512 гг.), признавая, правда, что в целом император стремился к сохранению мира в церкви и был противником нововведений. Автор касается событий Исаврийской войны, византийско-персидской войны 502–506 гг., мятежа Виталиана, восстания в Константинополе в 512 г. В этой части повествования Евагрий Схоластик впервые подробно обращается к событиям светской истории, а в следующих книгах светская история начнёт преобладать над церковной. Отдельное отступление посвящено полемике Евагрия Схоластика с языческим историком начала VI в. Зосимом. Четвёртая книга (события 518–565 гг.) посвящена правлениям императоров Юстина I (518–527 гг.) и Юстиниана I Великого (527–565 гг.). Объём церковно-исторической тематики продолжает сокращаться; значительная часть книги представляет собой эпитому «Историй войн» Прокопия Кесарийского, где описываются сражения византийцев с готами, персами и вандалами. Евагрий Схоластик не пытался разобраться в хитросплетениях церковной политики императора Юстиниана I, вслед за Прокопием Кесарийским повторяет недостоверные сведения о том, что Юстиниан I поддерживал православных, в то время как его жена Феодора выступала на стороне монофизитов. Автор фрагментарно представил историю правления иерархов на основных патриарших кафедрах, дал описание Константинопольского собора 553 г., но не связал его созыв с борьбой за признание Халкидона. Историк оценил личность императора Юстиниана I очень критически: обвинил его в систематическом присвоении чужого имущества, в сребролюбии, в недопустимом пристрастии к партии венетов. В довершение всех грехов под конец жизни Юстиниан I впал в ересь афтартодокетизма. Ему мужественно противостоял Антиохийский патриарх Анастасий I Синаит (559–570, 593–598 гг.).