22 января Евтихий за своё сопротивление был арестован и едва не был убит. По приказу императора воины схватили святителя в храме, сорвали с него патриаршее облачение и отправили в ссылку в Амасийский монастырь (565 г.). Исследователи пишут, что после этого в Константинополе состоялся Собор для осуждения Евтихия, чтобы дать этому приговору церковную санкцию. Обвинения, выставленные против опального патриарха, были самые мелочные и даже несколько комичные. Важнейшее из них состояло в том, что Евтихий ел дичь, что считалось в то время чисто сибаритским лакомством (некоторые монашеские Ордена на Западе, между прочим, отличались тем, что дозволяли вкушать дичь на том основании, что в уставе Бенедикта Нурсийского запрещалось вкушать мясо только четвероногих). Другое обвинение состояло в том, что Евтихий подолгу молился Богу на коленях. После Собора к нему было отправлено посольство из его же собственных клириков. Евтихий прямо спросил у них: «К кому вы посланы?» Те отвечали: «К господину патриарху, епископу Константинопольскому». «Правильно вы сказали; хотя я и нахожусь в таком положении, но я всё-таки остаюсь патриархом, и вы так веруйте». После этого он отлучил их от церкви. Пишут, что святитель кротко переносил изгнание, проводил время в монастыре в посте и молитве. К этому периоду его жизни житие относит ряд чудотворений: исцеление больных, изгнание бесов и т.п. Во время нападения персов на Амасию и разорения жителей по указанию святителя из монастырских житниц давали зерно голодающим. На его место был поставлен Иоанн III Схоластик (565–577 гг.). Как он лавировал, отказавшись подписать эдикт и в то же время сохранив расположение императора, исследователи сказать затрудняются. Эдикт императора отказались подписать и другие епископы, мотивируя свою нерешительность тем, что желают знать суждение других патриархов об этом догматическом вопросе. После смерти Иоанна Схоластика император Юстин II (565–578 гг.), миролюбивая политика которого привела к восстановлению диалога между монофизитами и православными, вернул Евтихия на константинопольскую кафедру. Преемник Юстина II, император Тиверий I (578–582 гг.), устранился от давления на монофизитов правительственными мерами, сказав Евтихию, что борьба с монофизитами – дело церковной власти, а не государственной; для государства достаточно и одной внешней борьбы с ними. Предоставленный самому себе, патриарх пытался подействовать на монофизитов увещеваниями, но без успеха. Ему доложили, что воссоединившиеся с церковью сирийские монахини до сих пор употребляют «Трисвятое» с прибавкой «распныйся за ны». Прибыв в монастырь, патриарх увещевал монахинь оставить эти слова, введённые монофизитами. Но монахини ответили, что с них достаточно того, что они отступили от своей прежней веры и вошли в общение с синодиками. Но они никогда не согласятся отступиться от убеждения, что Христос есть истинный Бог, пострадавший за нас. После этого Евтихий прислал им своё богословско-полемическое сочинение. Но монахини ответили: «Мы – женщины и в богословских тонкостях ничего не понимаем; предания же восточных отцов никогда не оставим». В день празднования Пасхи в 582 г. Евтихий заболел и скончался в Фомино воскресенье. Его погребли в церкви Двенадцати апостолов. В 1246 г. мощи святителя из Константинополя были перенесены в Венецию. Преемник Евтихия, Иоанн IV Постник (582–595 гг.), не делал никакого внешнего давления на монофизитов, и для них опять наступил период 40-летнего мира. С политикой Евтихия он покончил принципиально. Когда константинопольские клирики предложили ему преследовать монофизитов, сославшись на то, что так делал Евтихий, то Иоанна Постник ответил, что то был патриарх Евтихий, что пусть идут к нему и спросят его, позволит ли он теперь преследовать монофизитов. Уникальные попытки Иоанна Схоластика и Евтихия для исследователей представляют интерес в том отношении, что в этом случае инициативу взяли на себя представители церкви, а не государственная власть, как было раньше. Слабое участие государственной власти в этих уникальных опытах (помимо личного характера государей и занятия неотложными государственными делами) они объясняют, с одной стороны, тем, что опыт показал молоуспешность униальных соглашений, с другой – тем, что разделение монофизитов на толки делало невозможным воссоединение всех, а присоединение только малой части не могло иметь особой ценности для государства.