Небольшая часть его экзегетических сочинений дошла в сирийском, армянском, коптском, арабском и других древних переводах. Большинство сочинений этой группы имеют форму схолий, напоминающих излюбленный Евагрием Понтийским жанр «кратких глав» (общее количество схолий доходит до 2 тыс.). В них автор, основываясь на оригеновском аллегорическом методе, приводит библейские основания для своего аскетического учения. На сегодняшний день доказано, что ему принадлежат схолии на четыре ветхозаветные «книги премудрости»: «Схолии на псалмы» – самое большое сочинение Евагрия Понтийского, состоящее из 1354 схолий, первоначально приписывавшихся Оригену, а также «Толкований на псалмы», приписывавшихся Афанасию Великому. Однако в 1939 г. фон Бальтазар, основываясь на внутренней критике, доктринальных и стилистических сходствах, указал критерии выделения схолий Евагрия Понтийского из схолий Оригена и Афанасия. В 1960 г. Рондо в Ватиканской библиотеке обнаружил рукопись X в., содержащую полный текст схолий Евагрия Понтийского, а затем ещё несколько рукописей, содержащих данный текст (по крайней мере, в двух из них представлена «почти прямая традиция»). Исследователи считают вполне вероятным, что в этих рукописях содержится полный текст схолий Евагрия Понтийского, общим числом доходящих до 1360. «Схолии на Притчи» – 382 схолии, за небольшими исключениями охватывающие всю Книгу Притчей Соломоновых. На принадлежность этих схолий Евагрию Понтийскому указывает «Лексикон Суда». Рукопись X в. с текстом схолий Евагрия Понтийского была обнаружена К. Тишендорфом в 1858 г. на о-ве Патмос и издана в 1860 г. под именем Оригена. Фон Бальтазар указал на принадлежность Евагрию Понтийскому ряда схолий на Книгу Притчей, приписывавшихся Оригену, а Ришар доказал принадлежность Евагрию Понтийскому всех схолий, опубликованных Тишендорфом. В 1987 г. Жеэн издал полный критический текст схолий вместе с их сокращённым вариантом, вошедшим в состав схолий Прокопия Газского. В Приложении исследователь опубликовал критическое издание других текстов Евагрия Понтийского, относящихся к комментариям на Книгу Притчей. В 1939 г. фон Бальтазар выдвинул предположение о существовании схолий Евагрия Понтийского на Книгу Екклесиаста, сохранившихся в составе комментария Олимпиодора. Однако впоследствии оказалось, что эти предположения были безосновательны: в 1977 г. Жеэн в Национальной библиотеке в Париже обнаружил рукопись XI в. с полным текстом 73 схолий Евагрия Понтийского, а затем в 1979 г. на Афоне ещё одну рукопись (XIV в.), содержавшую, хотя и неполный, тот же текст схолий, что и в парижской рукописи, и полностью отличавшийся от текста, на который обратил внимание фон Бальтазар (Жеэн в 1993 г. опубликовал критическое издание полного текста схолий Евагрия Понтийского вместе с их сокращённым вариантом). «Схолии на Иова» сохранились в катенах. Предположительно в них сохранились также другие схолии Евагрия Понтийского: на книги Бытие, Левит, Числа, Книги Царств. Принадлежность Евагрию Понтийскому схолий на Книгу Песни Песней Соломона и на Евангелие от Луки (в составе катен Никиты Ираклийского), которые приписывал Евагрию Понтийскому фон Бальтазар, в результате исследования рукописей не подтвердилась. В 1996 г. в Ватиканской библиотеке Жеэн обнаружил греческую рукопись с сочинениями Василия Великого, где сохранились фрагменты сочинений Евагрия Понтийского, в частности краткие экзегетические главы, в которых он подражает стилю и содержанию «книг премудрости» и которые сохранились также в арабском переводе: «В подражание Песни Песней», «В подражание Екклесиасту», «В подражание Притчам». Впрочем, авторство Евагрия Понтийского в отношении этих трёх сочинений для исследователей остаётся спорным. В сирийской и армянской рукописной традиции сохранились небольшие фрагменты двух экзегетических сочинений, которые приписываются Евагрию Понтийскому: «О Серафимах» – толкование видения пророка Исаии (Ис. 6:2–3) и «О Херувимах» – толкование видения пророка Иезекииля (Иез. 1:18 и 10:12). В коптских экзегетических катенах Евагрию Понтийскому приписывается также «Толкование на молитву Господню». В сирийских и частично в армянских переводах сохранилось собрание из 64-х посланий Евагрия Понтийского, причём два последних выделяются из общего состава. Большинство из 62-х посланий написаны Евагрием Понтийским во время его пребывания в Египте. Они посвящены различным нравственно-аскетическим и догматическим вопросам и адресованы разным лицам: Григорию Богослову, Мелании Старшей, Руфину, епископу Иоанну Иерусалимскому, епископу Феофилу Александрийскому, авве Лукию, монаху Евстафию, брату Кекропию, диакону Олимпию, ученику Палладию и другим людям, близким ему по духу.