Весь XVI в. прошёл под знаком государственно-церковного передела власти, прикрываемого необходимостью борьбы за чистоту православия и сопровождаемого восемью специальными Соборами против действительных и мнимых еретиков (жидовствующих, «нестяжателей» Максима Грека и Вассиана Патрикеева, «латинствующих», Матвея Башкина, Феодосия Косого, Ионы, Оникея, Фёдора Шорина, униатствующего Михаила Рогозы). При этом главное еретическое движение составил последователи «нового учения» Феодосия Косого, которое уже в середине XVI в. распространилось не только в центральных, но и (преимущественно) западных российских землях, став в одном ряду с крупными протестантскими течениями своего времени. Подъём движения в середине XVI в. был вызван глубокими сдвигами в социально-экономической и политической жизни страны. В обстановке городских восстаний и выступлений крестьян в деревне внутри движения наметилось размежевание на течения среди демократических слоев города и крестьянско-плебейское течение. Идеологом последнего выступил Феодосий Косой. Для созданного им «нового учения» характерны ярко выраженный антитринитаризм и радикализм социальных выводов: отрицались не только феодальная церковь с её иерархией, догматами и обрядами, но и вся система феодального господства и подчинения. Феодосий Косой выступал против войн и провозглашал равенство всех народов, отвергал авторитет церкви и выдвигал учение о «разуме духовном», противостоящем «человеческим преданиям», о «боге живых» и православном «боге мёртвых». Феодосий Косой считал «спасение» человека делом его собственных рук и отказывал богу в спасительной жертве. Он объявлял религию внутренним миром человека. Ересь Феодосия Косого была вершиной русской еретической мысли. Официальные власти ополчились против Феодосия Косого, но он избежал казни, укрывшись в Польше. Защиту интересов горожан взял на себя один из наиболее дальновидных представителей дворянства XVI в. – Матвей Башкин, который также придерживался антитринитарских взглядов, но был более умеренным в социальных выводах. Анализируя Евангелия, Матвей Башкин отверг догмат о Троице и признавал Христа простым человеком. Вследствие этого он считал иконы подобными идолам и призывал заменить церковное покаяние отказом делать дурные дела. По доносу Матвея Башкина схватили и заточили в монастырь. Немало проблем исходило также от вольномыслия писателей и деятелей культуры, далёких от того, чтобы сомневаться в догматах: Ивана Семёновича Пересветова, Ивана Фёдорова, Петра Мстиславца, Артемия Троицкого и др. С именами еретиков связаны выдающиеся памятники права и всемирной истории (труды Ивана-Волка Курицына и Ивана Чёрного). Крупный вклад внесли они и в создание демократического русского языка и грамотности. Еретики дали толчок мощному культурному движению, в котором проходило самоопределение русской гуманистической мысли. Первая половина XVII в., отягчённая противостоянием иноземцам и острой внутриполитической борьбой, прошла, в основном, без еретических волнений, но уже Московский собор 1651 г., посвящённый искоренению из богослужения «многогласия», обнаружил рождение нового инакомыслия – старообрядчества (обвинение в ереси с него будет снято лишь на поместном Соборе Русской православной церкви в 1971 г.).