В официальном отделе помещались документы, имевшие общецерковное значение, а также распоряжения епархиального начальства, регулярно печатались извлечения из отчётов о состоянии епархии, журналы общеепархиальных съездов духовенства и епархиального училищного совета, списки священно- и церковнослужителей епархии, вакантных мест, лиц, присоединённых из иноверия, инославия или из старообрядчества, разрядные списки учащихся духовной семинарии (до открытия в 1895 г. Красноярской духовной семинарии приводились сведения по Томской духовной семинарии) и духовных училищ. В отличие от большинства других епархиальных журналов в «Енисейских епархиальных ведомостях» некоторые официальные ежегодные отчёты (о состоянии Красноярского епархиального женского училища, о миссионерской деятельности в епархии, о состоянии церковноприходских школ и школ грамотности) и справочные материалы («Личный состав служащих в Красноярской духовной семинарии» в 1899 и 1901 гг.) помещались в неофициальном отделе. После 1900 г. наиболее объёмные официальные документы печатались в качестве приложений с отдельной пагинацией, иногда вместо неофициального отдела. Единственный назидательный текст, помещённый в официальном отделе, – «Напоминание пастырям енисейской паствы о пастырских их обязанностях и наставление о том, как они должны исполнять оные свои обязанности» епископа Евфимия (Счастнева). В неофициальном отделе печатались проповеди, поучения и речи, среди местных проповедников исследователи выделяют епископа Исаакия (1884–1885 гг.), епископа Александра (Богданова; более 30 проповедей и речей за 1892–1894 гг.), епископа Акакия (Заклинского), цензора «Енисейских епархиальных ведомостей» протоиерея Василия Касьянова, священника Никандра Соловьёва («Катехизические поучения о молитве Господней» и др.), протоиереев Михаила Солодчина и Михаила Лотоцкого. Большой краеведческий интерес для исследователей представляют подробные описания поездок правящих архиереев по епархии, простиравшейся от границы с Китаем до Северного Ледовитого океана: «Поездка преосвященного Тихона (Донебина-Троицкого) в Туруханский край для обозрения церквей», «Поездка епископа Александра для обозрения церквей», «Обозрение церквей епископом Александром в 1893 г.», многочисленные статьи о просвещении «инородцев» Туруханского края (тунгусов, якутов, долган, ненцев). Помимо текущих миссионерских отчётов публиковались описания миссионерских поездок прошлых лет, например: «Путевой журнал священника-миссионера Михаила Суслова при поездке к озеру Ессей», «Поездка миссионера священника Суслова к устью реки Енисея», статья «Миссионерская поездка Туруханского игумена Мисаила в 1788–1789 гг.» архимандрита Владимира (Петрова; впоследствии архиепископ Казанский; перепечатана из журнала «Христианское чтение»).