Особенностям богослужебной практики обители посвящена глава «Должно есть о сем ведати, како молебны поются в седмицы», в которой упоминается монастырская традиция совершения молебнов в честь почитаемых святых: «А в понедельник – Троицы да трём святителям, а в среду молебен богородицы одигитрие да преподобному ануфрию, а в пяток молебен богородицы акафисту да преподобному ефросину, по ектении». Первые деревянные постройки (церковь во имя Трёх святителей (Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста) и келья преподобного Евфросина) стояли на горе, близ современного монастыря. Перед строительством сохранившегося каменного собора обитель была перенесена к берегу реки Толбы, а старое русло реки засыпано. На новом месте, как полагают исследователи, во второй половине 1560 – 1570 гг., был построен каменный собор во имя Трёх святителей, в который были перенесены и погребены близ стены за правым клиросом мощи преподобного Евфросина. Точной датировки собор не имеет, однако исследователи не исключают, что с его строительством связана выдача монастырю жалованной грамоты Ивана IV от 23 апреля 1574 г. Собор отражает черты последнего этапа развития псковской архитектурной традиции, испытавшей влияние московского зодчества (после возвращения псковских мастеров из Казани и Свияжска, где они работали по заказу Ивана Грозного в 1555–1562 гг.). Основной объём храма (одноглавый, трёхапсидный, четырёхстолпный, с повышенными подпружными арками) окружён с трёх сторон объёмами ризницы (с северной), паперти с колокольней (с западной) и придела Рождества Пресвятой Богородицы (с южной; неоднократно перестраивался); аналогию такой композиции исследователи находят в архитектуре собора Рождества Пресвятой Богородицы Крыпецкого во имя апостола Иоанна Богослова монастыря (1547–1555 гг.) и церкви во имя Василия Великого на Горке в Пскове (вторая половина 1540 – первая половина 1550 гг.). Интерьер собора производит впечатление «представительности и мощи», «иерархичности» благодаря смещению столбов и сужению объёма собора к востоку, а также сочетанию вогнутых внутрь подкупольного пространства подпружных арок с невысоким объёмом барабана. Тот же эффект очевиден и в наружном облике весьма крупного по псковским меркам храма (16×16 м). Монументальность, даже грузность его объёма, возвышающегося на подклете, подчёркивалась традиционным восьмискатным покрытием (перестроено). Фасады оформлены типичным псковским декором, но с большим разнообразием мотивов: пояс арочных нишек, характерный для барабанов, перешёл и на главную апсиду, на всех трёх апсидах валиковая аркатура, некоторые окна выделены рамками. Псковская аркатура получает здесь московскую ордерную трактовку: она не повисает над нижней частью апсид, а начинается от горизонтального валика, отделяющего цоколь храма. Барабан украшен аркатурой с завершением каждого звена трёхлопастной аркой.