Евгений был схвачен солдатами во время молитвы и приведён к Лисию. Тот пытался переубедить Евгения и уговорить его принести жертву идолам. Но, придя в капище, Евгений взмолился Богу, прося Его низвергнуть идолов. И тут же несколько статуй упали и рассыпались в прах, а обитавшие в них демоны возопили о пощаде и затем исчезли. После этого Лисий приказал подвергнуть его таким же мучениям, как и Валериана, Кандида и Акилу. Евгений стойко переносил пытки. По распоряжению Лисия за стенами Трапезунда затопили огромную печь, куда мученики вошли с молитвой. Они оставались там два дня без всякого вреда, пока огонь окончательно не погас. Лисий приказал обезглавить Валериана, Кандида и Акилу, Евгения же пригвоздить в темнице к дереву для пыток. К телам мучеников были приставлены стражники. Когда они заснули, несколько христиан забрали останки, чтобы доставить их на родину святых. В дороге Валериан явился своему бывшему слуге и повелел вернуться на место их казни, чтобы забрать отсечённые головы. Слуга вернулся, нашёл головы по исходившему от них яркому сиянию и, забрав их с собой, догнал попутчиков. Через несколько дней христиане разделились: одни должны были идти на родину Кандида – в Солохену (Сорогену; ныне Ялынкавак), другие – на родину Валериана, в халдийскую Эдиску (Седиску, Сидисху, Адису; ныне Йылдыз), третьи – в родные места Акилы – в Годену (ныне Оймалы), также в Халдии. Относительно родины Акилы в источниках есть расхождения: Константин Лукит говорит о Годене, в анонимном Мученичестве и у Ксифилина упоминается Эдиска. При выборе пути выяснилось, что тела мучеников невозможно опознать. И тогда животные, перевозившие тела, сами направились каждое в нужную сторону. Мучеников с честью похоронили на их родине. Евгению, пригвождённому в темнице, явился ангел, вынул гвозди из рук и ног и излечил раны. Лисий считал все происходившие чудеса результатом магии. Евгению наносили удары мечами, затем отвели на место казни и обезглавили. Тело по приказу Лисия было брошено на съедение диким зверям. Но христианам удалось его унести и похоронить. Основные чудеса Евгения и других мучеников содержатся в трёх произведениях: в Описании чудес Евгения патриарха Иоанна Ксифилина и двух текстах Иосифа Лазаропула – в Слове на рождество мученика Евгения и в Собрании чудес Евгения митрополита Иосифа Лазаропула. Чудеса исследователи делят на несколько тематических групп. Наиболее многочисленны чудеса, в которых Евгений выступает защитником монастырских интересов, главным образом, экономических: следит за сохранностью имущества и печётся о процветании обители. Этот мотив встречается во всех чудесах, описанных в Слове на рождество мученика Евгения и во многих рассказах из Собрания чудес Лазаропула.