С 26 декабря 2006 г. Екатеринбургский монастырь возглавляла монахиня Домника (Коробейникова), а игуменья Любовь (с 2007 г. – схиигуменья Злата) по благословению патриарха Алексия II осталась почётной настоятельницей Екатеринбургского монастыря «во внимание к трудам, понесённым по возрождению Ново-Тихвинского монастыря» и проживала в обители на покое. В 1994 г. в Екатеринбургском монастыре проживали 12 насельниц, в 1997 г. – 60, в 2007 г. – 143 насельницы. Духовником обители был схиигумен Авраам (Рейдман). Первоначальный текст устава, учреждённый в 1822 г., утрачен, к 2008 г. в Екатеринбургском монастыре составлен новый на основе уставов Глинской пустыни и Спасо-Преображенского Валаамского монастыря, а также устава Василия Великого. Богослужения совершаются в отреставрированной Всехсвятской церкви, Александро-Невский собор временно закрыт. Поскольку историческая территория Екатеринбургского монастыря занята госпиталем для ветеранов войн, а монастырю возвращена только небольшая часть владений с Александро-Невским собором и Всехсвятской церковью, большинство сестёр проживают в Игнатиевском скиту, созданном в 1995 г. на территории Шарташского дома отдыха на окраине Екатеринбурга. В скиту освящена домовая церковь во имя Иоанна Тобольского, в которой ежедневно совершаются богослужения. Екатеринбургскому монастырю принадлежит Александро-Невская часовня в дендрологическом парке Екатеринбурга, а также Симеоновское подворье в селе Меркушине Свердловской области, на месте молитвенных подвигов Симеона Верхотурского. На подворье отреставрированы и действуют храмы Михаило-Архангельский (1809 г.) и Симеоновский (1886 г.). Главные святыни подворья – гробница Симеона и мощи Константина Богоявленского. В Екатеринбургском монастыре действуют швейная и иконописная мастерские, небольшая типография, переводческий класс, греко-славянский кабинет. Сёстры написали иконы для центрального иконостаса Крестовоздвиженского собора верхотурского во имя Николая Чудотворца монастыря, храма-памятника на Крови во имя Всех святых, в земле Российской просиявших, в Екатеринбурге. В 2001 г. в Екатеринбурге монастырь открыл православный приют во имя Елизаветы Фёдоровны, благотворительную столовую, окормляет церковноприходские школы при соборе князя Александра Невского и на Свято-Симеоновском подворье в селе Меркушине. На подворье организуются бесплатные обеды для малообеспеченных. Священнослужители Екатеринбургского монастыря окормляют военнослужащих, заключённых в тюрьмах.