В 1026/1027 г. монах Симеон с частицей мощей великомученицы Екатерины пришёл в Руан, где получил богатую милостыню для монастыря великомученицы Екатерины. По его примеру в Европу прибыл Синайский епископ Иорий, умерший в Бетюне (Франция) в 1033 г. Чудеса, совершавшиеся у мощей великомученицы Екатерины в Руане, вызвали всплеск религиозного энтузиазма верующих. В XI–XIII вв. великомученице Екатерине было посвящено множество церквей и часовен, сложилась обширная агиографическая литература. Один из самых мрачных периодов истории христиане Синая пережили в правление фатимидского халифа аль-Хакима (996–1021 гг.), известного жестокими преследованиями инаковерующих, а также конфискацией церковных и монастырских имений в своём государстве. Около 1012 г. аль-Хаким приказал предводителю синайских бедуинов Ибн Гайясу уничтожить все церкви и монастыри на Синае. Были срыты церкви в Аджруде, Эль-Кульзуме (Клисма), монастырь Иоанна Предтечи близ Эт-Тура. Оттуда Ибн Гайяс отправился к монастырю великомученицы Екатерины. Однако один из иноков обители, Сулейман ибн Ибрахим, бывший чиновник фатимидской администрации, убедил его пощадить монастырь в обмен на выдачу всех его сокровищ. Кроме того, разрушение такого массивного сооружения было трудновыполнимо. Предположительно к этому времени (начало XI в.) относится уникальный случай сооружения на территории монастыря мечети (вероятно, переделанной из бывшей гостиницы для паломников), что опять же должно было предотвратить его уничтожение. Наряду с этим известны предания, которые ошибочно относили постройку мечети к XIII или XVI в. Мечеть периодически использовалась для молитвы местными бедуинами и мусульманскими паломниками, проходившими через Синай. В позднейшей переписке с египетскими султанами синайские монахи особо подчёркивали гостеприимство, оказываемое ими мусульманским паломникам, которое служило одним из аргументов в отстаивании прав монастыря. В 1020 г. Сулейман, ставший к тому времени игуменом монастыря великомученицы Екатерины, используя, видимо, свои старые связи при дворе, сумел расположить к себе халифа аль-Хакима. В ситуации, когда не осталось в живых почти никого из архиереев Александрийской церкви, Сулейман выступил как лидер всей православной общины. Он добился у халифа возвращения конфискованных имений монастыря великомученицы Екатерины, несколько позже – восстановления главного монастыря египетских мелькитов аль-Кусайра и других разрушенных церквей и монастырей, а также разрешения христианам, насильственно обращённым в ислам, вернуться в прежнюю веру. После смерти аль-Хакима последние ограничения, наложенные на христиан, были сняты. Экономическое положение монастыря великомученицы Екатерины улучшилось, в том числе и за счёт смещения торговых путей между Индийским океаном и Египтом: из-за обмеления порта Эль-Кульзум в районе нынешнего Суэца приблизительно с первой половины XI в. корабли с пряностями стали разгружаться в синайском порту Эт-Тур, населённом христианами и связанном с монастырём великомученицы Екатерины.