В начале 1930 гг. игуменья Мария скончалась, похоронена на городском кладбище. В 1937 г. Г.М. Леонтьев был репрессирован, сослан в Сибирь. Священник Захарий Бенедиктов служил и скончался в Преображенском храме бывшего Геннадиева в честь Преображения Господня мужского монастыря. В корпусах Даниловского монастыря разместились общежитие сельхозтехникума, коммунальные квартиры, детский приют, в 1931 г. была организована сельхозартель «Красная Горушка». Согласно устному рассказу настоятеля церкви Смоленской иконы Божьей Матери в селе Смоленское (ныне в черте города Ярославля) протоиерея Прокопия Новикова (происходил из среды беспоповцев, на протяжении всей жизни был связан с заволжской ветвью согласия, после 1945 г. принял сан иерея, заочно окончил Ленинградскую духовную академию; ум. в начале 1980 гг.), первоначально сельхозартель называлась «Аксиома». Она была создана представителями согласия бегунов, заволжской ветви беспоповцев (так называемые даниловские, или мельники, мельничные), отделившейся от «сопелковской веры» в результате полемики 1900–1910 гг. Создание артели было связано, как полагают исследователе, с национализацией паровой мельницы в городе Данилове, давшей название этой ветви «странников» и служившей её главной «пристанью». В Казанском соборе Даниловского монастыря были устроены электростанция, зерносушилка, колхозное хранилище, склады, в алтаре – магазин. С 1960 гг. пустующий собор подвергался осквернению, находился в аварийном состоянии, в пожаре 1980 г. сгорели пять куполов. В 1988 г. трудами местных краеведов и верующих собор и территория монастыря были расчищены от мусора. В 1992 г. при Казанском храме был открыт приход, настоятелем которого стал священник Георгий Усков. Решением Синода РПЦ от 26 декабря 2003 г. Казанский приход был преобразован в женский монастырь, настоятельницей утверждена монахиня Екатерина (Гаева), с 27 марта 2007 г. – настоятельница монахиня Филарета (Гусакова). В восстановленном Казанском соборе 22 ноября 2004 г. Ярославский  архиепископ Кирилл (Наконечный) освятил тёплый престол во имя Тихона Московского. Сёстры живут в небольшом коттедже, поставлена деревянная ограда, в соборе ведутся восстановительные работы, на куполах установлены кресты. В Даниловском монастыре хранятся частицы мощей Агафангела (Преображенского) и облачения Иоанна Кронштадтского, а также чтимая Казанская икона Божьей Матери, подаренная монастырю в 1918 г. патриархом Тихоном. В экспозиции краеведческого музея города Данилова представлены посох игуменьи Михаилы, личные вещи епископа Софрония и сестёр Даниловского монастыря.