На следующий день в окрестностях храма, где жил Даниил Столпник, оказался Сергий, один из учеников Симеона, которому после смерти Симеона было поручено отнести императору Льву куколь преподобного. Однако, разговорившись с Даниилом Столпником, Сергий понял, что облачение по праву принадлежит Даниилу Столпнику, поскольку именно он должен стать духовным преемником Симеона. Сергий навсегда остался с Даниилом Столпником, став его учеником. По просьбе святого он выбрал в пустыне место для столпа, которое ему было указано по знамению. Ученики святого построили столп высотой в два человеческих роста. В 461 г. Даниил Столпник взошёл на него. За 32 года, которые Даниил Столпник провёл на столпе, он совершил множество чудес: исцелил сына бывшего префекта Константинополя Кира, избавил от глухоты и немоты детей, изгнал беса из блудницы, которую еретики подговорили оклеветать святого, лечил прокажённых и хромых. Даниил Столпник, несмотря на язвы на ногах, являл чудеса долготерпения: во время сильного ненастья ученики нашли Даниила Столпника, покрытого коркой льда. С большим трудом они смогли отогреть его, и лишь после долгих уговоров Даниил Столпник согласился, чтобы на столпе был сооружён железный навес. Отношения Даниила Столпника с церковной и светской властью первое время были напряжёнными: владелец земли, где был поставлен столп, требовал, чтобы Константинопольский патриарх Геннадий I, преемник Анатолия, разрешил ему силой свести Даниила Столпника со столпа, а столп разрушить, но потом раскаялся и сам стал помогать святому. Когда слава о Данииле Столпнике широко распространилась, многие вельможи и члены императорской семьи (например, императрица Евдокия, жена императора Феодосия Младшего) считали за честь украшать столп или старались убедить святого поставить новый столп на их землях. В благодарность за исцеление жены от бесплодия император Лев I приказал заложить основание нового столпа для святого, построил рядом с ним монастырь и часовню, куда по совету Даниила Столпника поместил мощи преподобного Симеона. Император считал нужным всегда советоваться с Даниилом Столпником, посвящал его в свои дела и просил быть посредником в переговорах (например, с царём лазов Губазом). Из благоговения император никогда не приближался к столпу верхом. По желанию императора патриарх Геннадий I должен был рукоположить Даниила Столпника во пресвитера, однако преподобный отказался спустить для патриарха лестницу. Тогда Геннадий I совершил таинство под столпом, провозгласил, что Даниил Столпник теперь рукоположён, и только тогда сумел взойти на столп, чтобы причаститься вместе со святым. Авторитет Даниила Столпника был настолько велик, что в период смуты в империи (475–476 гг.) его поддержкой стремились заручиться и будущий император Зинон, отец и соправитель скончавшегося в раннем детстве императора Льва II, и соперник Зинона, монофизит, узурпатор Василиск, брат императрицы Верины, жены Льва I. Даниил Столпник не стал благословлять Василиска, возглавил православную оппозицию и вместе с патриархом Акакием заставил Василиска отказаться от ереси. По просьбе патриарха Даниил Столпник был вынужден покинуть столп и пройти через весь город ко дворцу, где пребывал узурпатор. Святого, не способного ходить из-за язв на ногах, несли благочестивые христиане. Во время каждой остановки Даниил Столпник совершал исцеления и произносил проповеди. Он предсказал возвращение на трон императора Зинона, его смерть и воцарение нового, праведного правителя Анастасия I.