Ряд очерков о верованиях и просвещении осетин, ингилойцев, жителей Гудамарского ущелья в серии «Из записок миссионера» подготовил иеромонах Леонид. В 1901–1905 гг., когда главным редактором журнала был Иоанн Восторгов, направление издания изменилось: практически исчезли материалы исторического, искусствоведческого и агиографического характера, их место заняли официальная хроника и проповеди, бóльшую часть которых писал Иоанн. Представители грузинской общественности упрекали редакцию вестника в недоброжелательности к грузинскому народу, грузинскому языку, ГПЦ. Недовольство усиливалось тем, что в этот период журнал, за некоторым исключением, выходил только на русском языке, без грузиноязычного приложения, единственной опубликованной на грузинском языке была статья С. Миропольского «Школьная дисциплина и её помощь». 26 августа 1905 г. экзарх Грузии архиепископ Николай (Налимов) созвал епархиальный съезд духовенства для рассмотрения вопроса о дальнейшем издании журнала. Приняв во внимание, что журнал пренебрегает утверждённой в 1890 г. программой и не отражает жизни грузинского духовенства и общества, съезд освободил Иоанна от занимаемой должности и поручил издание журнала особой комиссии в составе священника Никандра Покровского (исполняющий обязанности главного редактора журнала), И. Перадзе (исполняющий обязанности главного редактора грузинской версии журнала), И. Джаши и С. Мураховского. Также было решено изменить название журнала (№1 за 1907 г. был выпущен под названием «Вестник Грузинского Экзархата»). №18 и 20 за 1905 г. не вышли в свет из-за политической стачки, №23/24 за тот же год вышел неполным (неофициальная часть): из-за пожара в типографии Е.И. Хеладзе номер не удалось полностью восстановить. Грузинский выпуск вестника появился 1-2 ноября 1906 г. Во вступительной статье «От редакции» были поставлены новые цели и объяснялись принципы издания: «В деле разрешения вопросов церковной реформы прояснять церковно-общественное самопознание и объятую тьмой существующую церковно-общественную действительность рассматривать без предвзятости и по справедливости». Новая редакция считала необходимым издание такого журнала, который бы «достойно встретил новый этап, начатый манифестом 17 октября». На страницах вестника активно обсуждался поднятый в эти годы в среде грузинской общественности и духовенства вопрос о восстановлении автокефалии ГПЦ. Материалы и исследования публиковали С. Горгадзе – «Рецензия на книгу К. Цинцадзе “Автокефалия Церкви Грузинской”», И. Перадзе – «К материалам по истории автокефалии Грузинской Церкви», «Свобода совести и свобода Церкви», «Свобода совести и свобода Церкви в Византийской империи», А. Натроев (Натрошвили) – «Капиталы Грузинской Церкви», «К вопросу об автокефалии», Амвросий (Хелая) – критическое письмо «По поводу статьи “Голос из Сухуми”», протоиерея Корнелия Кекелидзе – «Литургическая справка по вопросу об автокефалии Грузинской Церкви», Каллистрата (Цинцадзе; впоследствии Католикос-Патриарх Грузии) – «Историческая справка по вопросу об автокефалии Грузинской Церкви: Ответ Г.В. Самуилову» и др.