Определением Святейшего Синода от 18 сентября 1840 г. М.Я. Диев был полностью оправдан и возвращён на прежнее место служения. В 1848 г. указом Синода он был назначен сотрудником Комиссии об исправлении «Истории российской иерархии». 4 сентября 1857 г. по представлению Московского митрополита Филарета (Дроздова) возведён в сан протоиерея, 5 сентября того же года назначен благочинным своего округа. В марте 1865 г. М.Я. Диев перенёс инсульт. В августе того же года по состоянию здоровья вышел за штат и переехал в купленную им в 1862 г. дворянскую усадьбу Жары в Костромском уезде. М.Я. Диев состоял членом-соревнователем Общества истории и древностей российских (с 1829 г.), был действительным членом этого общества (с 1832 г.), членом-корреспондентом Костромского статистического комитета (с 1854 г.). Похоронен на кладбище при Ильинской церкви в селе Ильинском (ныне Судиславский район Костромской области). Во время Великой Отечественной войны церковь разобрали, после 1945 г. кладбище было уничтожено, могила утрачена. Осенью 1989 г. в ходе подготовки к 195-летию М.Я. Диева по инициативе Костромского областного отделения Всероссийского фонда культуры при помощи потомков М.Я. Диева удалось установить точное место его погребения и восстановить могилу, на которой 22 октября 1989 г. была отслужена панихида. Летом 1990 г. на могиле установили металлический крест и ограду, освящённые 7 июля того же года протоиереем Александром Андросовым. 14 июля 1994 г. могилу посетил Александр Иванович Солженицын. 21 октября 1989 г. в связи со 195-летием М.Я. Диева в Нерехте прошли первые Диевские краеведческие чтения, в 1994 г. – вторые, в 1999 г. – третьи. В 2001 г. первые Диевские чтения прошли и в посёлке Судиславле. В 1989 г. в Нерехте на доме, где М.Я. Диев жил в детстве, и на здании бывшего Мариинского женского училища, в котором он преподавал, установлены мемориальные доски. В 1999 г. его имя присвоено Нерехтской районной библиотеке. В 1889 г. большую часть рукописного наследия М.Я. Диева приобрёл у его потомков Андрей Александрович Титов, который в конце XIX – начале XX вв. опубликовал ряд его трудов. К 2007 г. большинство рукописей хранится в Отделе рукописей Российской национальной библиотеки (фонд А.А. Титова), в том числе «История Костромской епархии», «Описание Богородицкого Игрицкого монастыря», «История Костромы» и др. Часть рукописей осталась в Ростове и находится в Отделе рукописей Ростовского музея-заповедника. Несколько рукописей оказалось в собрании Костромской губернской учёной архивной комиссии и к 2007 г. хранятся в фондах Костромского историко-архитектурного музея-заповедника.