Публиковались источники по церковной истории («Духовное завещание митрополита Филарета (Амфитеатрова)», «Письма из Иерусалима» Мелитопольского епископа Кирилла (Наумова), «Из воспоминаний о Востоке» священника Петра Соловьёва, «Отрывки из дневника настоятеля Соловецкого монастыря архимандрита Порфирия» (Пашуты) и др.). Ряд публикаций был посвящён полемике со старообрядцами: «Поучения в обличение раскольничьих и старообрядческих мнений» Орловского епископа Макария (Миролюбова), истории и вероучению католической и протестантской церквей («Секта квакеров» И. Т. Осинина), «Патриарх Кирилл Лукарис в борьбе с иезуитами» священника Феодора Павловича, «Христианство в Британии до Реформации» и «Богослужение Церкви Англиканской» Василия Яковлевича Михайловского, «Шотландская пресвитерианская Церковь» священника И. Вознесенского, «Воспоминания о В.В. Пальмере» и «К вопросу о сближении Англиканской Церкви с Православною» священника Василия Фортунатова. В журнале печатались статьи А.А. Алексеева (Н. Вульфа) о современном иудаизме и его воспоминания, статьи П.М. Сладкопевцева «Еврейский Талмуд», «Русские мистики-иллюминаты» и «О секте скопцов». Много статей по философии, апологетике, истории церкви, миссионерству, отношению церкви и государства, межцерковным отношениям было переведено с европейских языков. С 1863 г. некоторые материалы (списки награждённых клириков, объявления) печатались с отдельной пагинацией и составляли «Прибавления к “Духовной беседе”». В качестве приложений было также напечатано несколько брошюр, в том числе «О православии Российской Церкви» (СПб., 1863 г.) протоиерея Иоанна Яхонтова. С основанием в 1875 г. журнала «Церковный вестник» «Духовная беседа» утратила значение единственного официального органа Святейшего Синода, потеряла большую часть подписчиков и вскоре прекратила существование. Под таким же названием выходил в 1909–1918 гг. в Киеве ежемесячный журнал, посвящённый христианской проповеди и религиозно-нравственным вопросам. Издавался священником (впоследствии протоиерей) Серапионом Брояковским. Имел общую годовую пагинацию. В 1918 г. вышли не менее шести номеров. В качестве бесплатного приложения к «Духовной беседе» в 1909 г. издавались сборник «Живое слово» и журнал «Проповедническое обозрение» (шесть выпусков), в 1912–1915 гг. – ежегодный сборник «Благовестник» (четыре выпуска), а также в разные годы – тематические и календарные сборники проповедей и поучений, календари-справочники и т.п.